| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-144 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-144-v1 Ami-Mir-144 Bta-Mir-144-v1 Cfa-Mir-144-v1 Cja-Mir-144-v1 Cli-Mir-144-v1 Cmi-Mir-144 Cpi-Mir-144 Cpo-Mir-144-v1 Dno-Mir-144 Dre-Mir-144-v1 Ebu-Mir-144-v1 Eca-Mir-144-v1 Ete-Mir-144 Gga-Mir-144 Gja-Mir-144-v1 Hsa-Mir-144-v1 Laf-Mir-144 Lch-Mir-144 Loc-Mir-144-v1 Mal-Mir-144-v1 Mdo-Mir-144 Mml-Mir-144 Mmr-Mir-144 Mmu-Mir-144-v1 Mun-Mir-144-v1 Neu-Mir-144-v1 Oan-Mir-144 Ocu-Mir-144-v1 Pab-Mir-144-v1 Pbv-Mir-144 Pma-Mir-144 Rno-Mir-144-v1 Sha-Mir-144 Spt-Mir-144 Sto-Mir-144 Tgu-Mir-144-v1 Tni-Mir-144 Xtr-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
contig314418: 343-401 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-144-v1) |
Mir-144-v1
contig314418: 343-401 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-144-v2 contig314418: 343-401 [+] UCSC Ensembl Mir-451 contig314418: 488-531 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Gmo-Mir-144-v1 |
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| Seed | GAUAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACGGUAGCCGUUGGUCUUGAGCCCUGGACAGGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGUUCAUUAUGGAGACACUACAGUAUAGAUGAUGUACUAUCCAGGGUAUCAUUCUCCGUCAGAGGCCCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACGGUAGCCGUUGGUCU- -| C G A AGUUCAUU UGA GCCCUGGA AG AUAUCAUC UAUACUGUA A ACU UGGGACCU UC UGUAGUAG AUAUGACAU U UCCCGGAGACUGCCUCUU A^ A A - CACAGAGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gmo-Mir-144-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0044027 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUAUCAUCAUAUACUGUAAG -22
Get sequence
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| Co-mature sequence | Gmo-Mir-144-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044028 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UACAGUAUAGAUGAUGUACUA -59
Get sequence
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| Variant | Gmo-Mir-144-v2 |
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| Seed | UACAGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACGGUAGCCGUUGGUCUUGAGCCCUGGACAGGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGUUCAUUAUGGAGACACUACAGUAUAGAUGAUGUACUAUCCAGGGUAUCAUUCUCCGUCAGAGGCCCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACGGUAGCCGUUGGUCU- -| C G A A UCAUUA UGA GCCCUGGA AG AUAUCAUC UAUACUGUA GU \ ACU UGGGACCU UC UGUAGUAG AUAUGACAU CA U UCCCGGAGACUGCCUCUU A^ A A - - CAGAGG 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-144-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044027 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-144-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044028 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CUACAGUAUAGAUGAUGUACUA -59
Get sequence
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