| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-144 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-144-v1 Ami-Mir-144 Bta-Mir-144-v1 Cja-Mir-144-v1 Cli-Mir-144-v1 Cmi-Mir-144 Cpi-Mir-144 Cpo-Mir-144-v1 Dno-Mir-144 Dre-Mir-144-v1 Ebu-Mir-144-v1 Eca-Mir-144-v1 Ete-Mir-144 Gga-Mir-144 Gja-Mir-144-v1 Gmo-Mir-144-v1 Hsa-Mir-144-v1 Laf-Mir-144 Lch-Mir-144 Loc-Mir-144-v1 Mal-Mir-144-v1 Mdo-Mir-144 Mml-Mir-144 Mmr-Mir-144 Mmu-Mir-144-v1 Mun-Mir-144-v1 Neu-Mir-144-v1 Oan-Mir-144 Ocu-Mir-144-v1 Pab-Mir-144-v1 Pbv-Mir-144 Pma-Mir-144 Rno-Mir-144-v1 Sha-Mir-144 Spt-Mir-144 Sto-Mir-144 Tgu-Mir-144-v1 Tni-Mir-144 Xtr-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr9: 43031036-43031093 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-144-v1) |
Mir-451
chr9: 43030875-43030916 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-144-v1 chr9: 43031036-43031093 [-] UCSC Ensembl Mir-144-v2 chr9: 43031036-43031093 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cfa-Mir-144-v1 |
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| Seed | ACAGUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCCCUGUGCCUGCUGCGGGGCCCUGGCUAGGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGUUUGCGACAAGAUACUACAGUAUAGAUGAUGUACUAGUCCGGGUCCCCACAGCUCUGGAGCCAGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUCCCUGUGCCUGCUGC--| U G A AGUUUGCG GGGGCCC GGCUAG AUAUCAUC UAUACUGUA \ CCCUGGG CUGAUC UGUAGUAG AUAUGACAU A UAGACCGAGGUCUCGACAC^ C A - CAUAGAAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-144-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUAUCAUCAUAUACUGUAAG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cfa-Mir-144-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0006734 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UACAGUAUAGAUGAUGUACUA -58
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-144 miRDB: MIMAT0006734 |
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| Variant | Cfa-Mir-144-v2 |
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| Seed | GAUAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCCCUGUGCCUGCUGCGGGGCCCUGGCUAGGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGUUUGCGACAAGAUACUACAGUAUAGAUGAUGUACUAGUCCGGGUCCCCACAGCUCUGGAGCCAGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUCCCUGUGCCUGCUGC--| U G A A UUGCG GGGGCCC GGCUAG AUAUCAUC UAUACUGUA GU A CCCUGGG CUGAUC UGUAGUAG AUAUGACAU CA C UAGACCGAGGUCUCGACAC^ C A - - UAGAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cfa-Mir-144-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Cfa-Mir-144-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0006734 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CUACAGUAUAGAUGAUGUACUA -58
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-144 miRDB: MIMAT0006734 |
