| MirGeneDB ID | Tgu-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-144 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tgu-mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-144-v1 Ami-Mir-144 Bta-Mir-144-v1 Cfa-Mir-144-v1 Cja-Mir-144-v1 Cli-Mir-144-v1 Cmi-Mir-144 Cpi-Mir-144 Cpo-Mir-144-v1 Dno-Mir-144 Dre-Mir-144-v1 Ebu-Mir-144-v1 Eca-Mir-144-v1 Ete-Mir-144 Gga-Mir-144 Gja-Mir-144-v1 Gmo-Mir-144-v1 Hsa-Mir-144-v1 Laf-Mir-144 Lch-Mir-144 Loc-Mir-144-v1 Mal-Mir-144-v1 Mdo-Mir-144 Mml-Mir-144 Mmr-Mir-144 Mmu-Mir-144-v1 Mun-Mir-144-v1 Neu-Mir-144-v1 Oan-Mir-144 Ocu-Mir-144-v1 Pab-Mir-144-v1 Pbv-Mir-144 Pma-Mir-144 Rno-Mir-144-v1 Sha-Mir-144 Spt-Mir-144 Sto-Mir-144 Tni-Mir-144 Xtr-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (TaeGut1_add) |
19: 4217046-4217103 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-144-v1) |
Mir-144-v1
19: 4217046-4217103 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-144-v2 19: 4217046-4217103 [+] UCSC Ensembl Mir-451 19: 4217241-4217282 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Tgu-Mir-144-v1 |
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| Seed | GAUAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUGCUCUCCUCUCCGCGCUGUCCCGGGCAGGAUAUCAUCGUAUACUGUAAGUUGGCUAUGAGACACUACAGUAUAGAUGAUGUACUCCCCGGGCUGCACCGACCUCCUCCCGCCGCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCUGCUCUCCUCUCCGC---| U U C G G AGUUGGCU GC G CCCGGG AG AUAUCAUC UAUACUGUA \ CG C GGGCCC UC UGUAGUAG AUAUGACAU A ACGCCGCCCUCCUCCAGCCA^ U - C A - CACAGAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tgu-Mir-144-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0014650 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUAUCAUCGUAUACUGUAAG -22
Get sequence
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| Co-mature sequence | Tgu-Mir-144-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0014596 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UACAGUAUAGAUGAUGUACUC -58
Get sequence
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| Variant | Tgu-Mir-144-v2 |
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| Seed | GAUAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUGCUCUCCUCUCCGCGCUGUCCCGGGCAGGAUAUCAUCGUAUACUGUAAGUUGGCUAUGAGACACUACAGUAUAGAUGAUGUACUCCCCGGGCUGCACCGACCUCCUCCCGCCGCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCUGCUCUCCUCUCCGC---| U U C G G A UGGCU GC G CCCGGG AG AUAUCAUC UAUACUGUA GU A CG C GGGCCC UC UGUAGUAG AUAUGACAU CA U ACGCCGCCCUCCUCCAGCCA^ U - C A - - CAGAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tgu-Mir-144-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0014650 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUAUCAUCGUAUACUGUAAGU -23
Get sequence
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| Co-mature sequence | Tgu-Mir-144-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0014596 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CUACAGUAUAGAUGAUGUACUC -58
Get sequence
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