MirGeneDB ID | Pma-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-144 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACAGUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pma-mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-144-v1 Aca-Mir-144-v2 Ami-Mir-144 Bta-Mir-144-v1 Bta-Mir-144-v2 Cfa-Mir-144-v1 Cfa-Mir-144-v2 Cli-Mir-144-v1 Cli-Mir-144-v2 Cmi-Mir-144 Cpi-Mir-144 Cpo-Mir-144-v1 Cpo-Mir-144-v2 Dno-Mir-144 Dre-Mir-144-v1 Dre-Mir-144-v2 Ebu-Mir-144-v1 Ebu-Mir-144-v2 Ete-Mir-144 Gga-Mir-144 Gja-Mir-144-v1 Gja-Mir-144-v2 Gmo-Mir-144-v1 Gmo-Mir-144-v2 Hsa-Mir-144-v1 Hsa-Mir-144-v2 Lch-Mir-144 Loc-Mir-144-v1 Loc-Mir-144-v2 Mal-Mir-144-v1 Mal-Mir-144-v2 Mdo-Mir-144 Mml-Mir-144 Mmu-Mir-144-v1 Mmu-Mir-144-v2 Mun-Mir-144-v1 Mun-Mir-144-v2 Oan-Mir-144 Ocu-Mir-144-v1 Ocu-Mir-144-v2 Pbv-Mir-144 Rno-Mir-144-v1 Rno-Mir-144-v2 Sha-Mir-144 Spt-Mir-144 Sto-Mir-144 Tgu-Mir-144-v1 Tgu-Mir-144-v2 Tni-Mir-144 Xla-Mir-144-P1-v1 Xla-Mir-144-P1-v2 Xla-Mir-144-P2-v1 Xla-Mir-144-P2-v2 Xtr-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046106.1: 1186823-1186882 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-144) |
Mir-451
NC_046106.1: 1186079-1186120 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-144 NC_046106.1: 1186823-1186882 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGCGGGAUUUCUCGACUAGCACGUCUGUGCAGGAUAUCAUACUAUACUGUAAAUCAAUGCUGAACCAUUACAGUAUAUAUGAUGUGCUGCGGAGGGCUAUGUCCUUGUCUGCAUCUGCGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGCGGGAUUUCUCGACU-----| ACG G G C AUCAAUG AGC UCU UGCAG AUAUCAUA UAUACUGUAA \ UCG GGA GCGUC UGUAGUAU AUAUGACAUU C UGCGUCUACGUCUGUUCCUGUA^ --- G G - ACCAAGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Pma-Mir-144_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0019474 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGAUAUCAUACUAUACUGUAAA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Pma-Mir-144_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0019475 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UACAGUAUAUAUGAUGUGCUGC -60
Get sequence
|