| MirGeneDB ID | Gja-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-144 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-144-v1 Ami-Mir-144 Bta-Mir-144-v1 Cfa-Mir-144-v1 Cja-Mir-144-v1 Cli-Mir-144-v1 Cmi-Mir-144 Cpi-Mir-144 Cpo-Mir-144-v1 Dno-Mir-144 Dre-Mir-144-v1 Ebu-Mir-144-v1 Eca-Mir-144-v1 Ete-Mir-144 Gga-Mir-144 Gmo-Mir-144-v1 Hsa-Mir-144-v1 Laf-Mir-144 Lch-Mir-144 Loc-Mir-144-v1 Mal-Mir-144-v1 Mdo-Mir-144 Mml-Mir-144 Mmr-Mir-144 Mmu-Mir-144-v1 Mun-Mir-144-v1 Neu-Mir-144-v1 Oan-Mir-144 Ocu-Mir-144-v1 Pab-Mir-144-v1 Pbv-Mir-144 Pma-Mir-144 Rno-Mir-144-v1 Sha-Mir-144 Spt-Mir-144 Sto-Mir-144 Tgu-Mir-144-v1 Tni-Mir-144 Xtr-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015173122.1: 2276609-2276665 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-144-v1) |
Mir-451
NW_015173122.1: 2276154-2276195 [-]
Mir-144-v1 NW_015173122.1: 2276609-2276665 [-] Mir-144-v2 NW_015173122.1: 2276609-2276665 [-] |
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| Variant | Gja-Mir-144-v1 |
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| Seed | ACAGUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCUAUUGAGACUUUCUAAGGCUCCAGGUUGGAUAUCAUCGUAUACUGUAAGUUGGAAUCAGACACUACAGUAUAGAUGAUGUACUACCUUGAACCUCUCAUCCAACUGACCUCCCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGCUAUUGAGACUUUCUA--| C C UGG G AGUUGGA AGG UC AGGU AUAUCAUC UAUACUGUA A UCC AG UCCA UGUAGUAG AUAUGACAU U GCCCUCCAGUCAACCUACUC^ A U UCA - CACAGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gja-Mir-144-v1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUAUCAUCGUAUACUGUAAG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Gja-Mir-144-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UACAGUAUAGAUGAUGUACUA -57
Get sequence
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| Variant | Gja-Mir-144-v2 |
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| Seed | UACAGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCUAUUGAGACUUUCUAAGGCUCCAGGUUGGAUAUCAUCGUAUACUGUAAGUUGGAAUCAGACACUACAGUAUAGAUGAUGUACUACCUUGAACCUCUCAUCCAACUGACCUCCCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGCUAUUGAGACUUUCUA--| C C UGG G A UGGAA AGG UC AGGU AUAUCAUC UAUACUGUA GU \ UCC AG UCCA UGUAGUAG AUAUGACAU CA U GCCCUCCAGUCAACCUACUC^ A U UCA - - CAGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gja-Mir-144-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUAUCAUCGUAUACUGUAAGU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Gja-Mir-144-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CUACAGUAUAGAUGAUGUACUA -57
Get sequence
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