MirGeneDB ID | Cpo-Mir-144-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-144 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACAGUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-144-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-144-v1 Ami-Mir-144 Bta-Mir-144-v1 Cfa-Mir-144-v1 Cli-Mir-144-v1 Cmi-Mir-144 Cpi-Mir-144 Dno-Mir-144 Dre-Mir-144-v1 Ebu-Mir-144-v1 Ete-Mir-144 Gga-Mir-144 Gja-Mir-144-v1 Gmo-Mir-144-v1 Hsa-Mir-144-v1 Lch-Mir-144 Loc-Mir-144-v1 Mal-Mir-144-v1 Mdo-Mir-144 Mml-Mir-144 Mmu-Mir-144-v1 Mun-Mir-144-v1 Oan-Mir-144 Ocu-Mir-144-v1 Pbv-Mir-144 Pma-Mir-144 Rno-Mir-144-v1 Sha-Mir-144 Spt-Mir-144 Sto-Mir-144 Tgu-Mir-144-v1 Tni-Mir-144 Xtr-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_32: 23622352-23622409 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-144-v1) |
Mir-144-v1
scaffold_32: 23622352-23622409 [+]
UCSC
Mir-144-v2 scaffold_32: 23622352-23622409 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCGAUUCCUGACCUCCUAGGGCUCUGGCUGGGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGUUUGUGAUGAGACACUACAGUAUAGAUGAUGUACUAGUCCGGGUACCCCCAGCUCUGGAGUCUGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCGAUUCCUGACCUCCUA C- -| G A AGUUUGUG GGG UCUGG CUGG AUAUCAUC UAUACUGUA \ CCC GGGCC GAUC UGUAGUAG AUAUGACAU A UAGUCUGAGGUCUCGACC AU U^ A - CACAGAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cpo-Mir-144-v1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0047012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGAUAUCAUCAUAUACUGUAAG -22
Get sequence
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Mature sequence | Cpo-Mir-144-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0047013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UACAGUAUAGAUGAUGUACUA -58
Get sequence
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