| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-144 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-144-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-144 Cmi-Mir-144 Cpi-Mir-144 Dno-Mir-144 Ete-Mir-144 Gga-Mir-144 Laf-Mir-144 Lch-Mir-144 Mdo-Mir-144 Mml-Mir-144 Mmr-Mir-144 Oan-Mir-144 Pbv-Mir-144 Pma-Mir-144 Sha-Mir-144 Spt-Mir-144 Sto-Mir-144 Tni-Mir-144 Xtr-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_32: 23622352-23622409 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-144-v2) |
Mir-144-v1
scaffold_32: 23622352-23622409 [+]
UCSC
Mir-144-v2 scaffold_32: 23622352-23622409 [+] UCSC Mir-451 scaffold_32: 23622513-23622554 [+] UCSC |
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| Variant | Cpo-Mir-144-v2 |
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| Seed | GAUAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCGAUUCCUGACCUCCUAGGGCUCUGGCUGGGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGUUUGUGAUGAGACACUACAGUAUAGAUGAUGUACUAGUCCGGGUACCCCCAGCUCUGGAGUCUGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCGAUUCCUGACCUCCUA C- -| G A A UUGUG GGG UCUGG CUGG AUAUCAUC UAUACUGUA GU A CCC GGGCC GAUC UGUAGUAG AUAUGACAU CA U UAGUCUGAGGUCUCGACC AU U^ A - - CAGAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-144-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-144-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CUACAGUAUAGAUGAUGUACUA -58
Get sequence
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| Variant | Cpo-Mir-144-v1 |
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| Seed | ACAGUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCGAUUCCUGACCUCCUAGGGCUCUGGCUGGGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGUUUGUGAUGAGACACUACAGUAUAGAUGAUGUACUAGUCCGGGUACCCCCAGCUCUGGAGUCUGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCGAUUCCUGACCUCCUA C- -| G A AGUUUGUG GGG UCUGG CUGG AUAUCAUC UAUACUGUA \ CCC GGGCC GAUC UGUAGUAG AUAUGACAU A UAGUCUGAGGUCUCGACC AU U^ A - CACAGAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-144-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUAUCAUCAUAUACUGUAAG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-144-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UACAGUAUAGAUGAUGUACUA -58
Get sequence
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