MirGeneDB ID | Xla-Mir-144-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-144 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAUAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xla-mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-144-P1-v1 Xla-Mir-144-P1-v2 Xla-Mir-144-P2-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-144 Cmi-Mir-144 Cpi-Mir-144 Dno-Mir-144 Ete-Mir-144 Gga-Mir-144 Lch-Mir-144 Mdo-Mir-144 Mml-Mir-144 Oan-Mir-144 Pbv-Mir-144 Pma-Mir-144 Sha-Mir-144 Spt-Mir-144 Sto-Mir-144 Tni-Mir-144 Xtr-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030727.1: 4344085-4344142 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-144-P2-v1) |
Mir-144-P2-v1
NC_030727.1: 4344085-4344142 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-144-P2-v2 NC_030727.1: 4344085-4344142 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGGUAGCCGAGGCCUUUGGGACUGAGUUUGGGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGUUUGUUUUAAGACACUACAGUAUAGAUGAUGUACUACACCAAGUCUCACCAGCACCCACCGACCCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGGUAGCCGAGGCCUUU--| GA U G A A UUGUU GGGACU GU UGG AUAUCAUC UAUACUGUA GU U CUCUGA CA AUC UGUAGUAG AUAUGACAU CA U ACCCAGCCACCCACGACCA^ AC C A - - CAGAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Xla-Mir-144-P2-v1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0046458 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGU -23
Get sequence
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Co-mature sequence | Xla-Mir-144-P2-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0046459 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CUACAGUAUAGAUGAUGUACUA -58
Get sequence
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