MirGeneDB ID | Cfa-Mir-451 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-451 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AACCGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-451 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-451 Ami-Mir-451 Bta-Mir-451 Cli-Mir-451 Cmi-Mir-451 Cpi-Mir-451 Cpo-Mir-451 Dno-Mir-451 Dre-Mir-451 Ebu-Mir-451 Ete-Mir-451 Gga-Mir-451 Gja-Mir-451 Gmo-Mir-451 Hsa-Mir-451 Lch-Mir-451 Loc-Mir-451 Mal-Mir-451 Mdo-Mir-451 Mml-Mir-451 Mmu-Mir-451 Mun-Mir-451 Oan-Mir-451 Ocu-Mir-451 Pma-Mir-451 Rno-Mir-451 Sha-Mir-451 Spt-Mir-451 Sto-Mir-451 Tgu-Mir-451 Tni-Mir-451 Xla-Mir-451-P1 Xla-Mir-451-P2 Xtr-Mir-451 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr9: 43030875-43030916 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-451) |
Mir-451
chr9: 43030875-43030916 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-144-v1 chr9: 43031036-43031093 [-] UCSC Ensembl Mir-144-v2 chr9: 43031036-43031093 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGACCGCCAAGACACUUGGGGAUGGCGAGGAAACCGUUACCAUUACUGAGUUUAGUAAUGGUAAUGGUUCUCUUGCUGUACCCACAAUACGUGCCAAGAAGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGACCGCCAAGACACUU--| G GA A GGG AUGGCGAG AACCGUUACCAUUACUG G CCC UGUCGUUC UUGGUAAUGGUAAUGAU U AGAAGAACCGUGCAUAACA^ A UC U 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | As a non-canonical (Group 4, Kim et al. 2016) miRNA there is no discrete 3p read and the 3' end of the mature miRNA is somewhat arbitrary. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | NA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cfa-Mir-451_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0009870 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAACCGUUACCAUUACUGAGUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-451 miRDB: MIMAT0009870 |