| MirGeneDB ID | Cja-Mir-451 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-451 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-451 Ami-Mir-451 Bta-Mir-451 Cfa-Mir-451 Cli-Mir-451 Cmi-Mir-451 Cpi-Mir-451 Cpo-Mir-451 Dno-Mir-451 Dre-Mir-451 Ebu-Mir-451 Eca-Mir-451 Ete-Mir-451 Gga-Mir-451 Gja-Mir-451 Gmo-Mir-451 Hsa-Mir-451 Laf-Mir-451 Lch-Mir-451 Loc-Mir-451 Mal-Mir-451 Mdo-Mir-451 Mml-Mir-451 Mmr-Mir-451 Mmu-Mir-451 Mun-Mir-451 Neu-Mir-451 Oan-Mir-451 Ocu-Mir-451 Pab-Mir-451 Pma-Mir-451 Rno-Mir-451 Sha-Mir-451 Spt-Mir-451 Sto-Mir-451 Tgu-Mir-451 Tni-Mir-451 Xla-Mir-451-P1 Xla-Mir-451-P2 Xtr-Mir-451 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021919.1: 100804491-100804532 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-451) |
Mir-144-v1
CM021919.1: 100804311-100804368 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-144-v2 CM021919.1: 100804311-100804368 [+] UCSC Ensembl Mir-451 CM021919.1: 100804491-100804532 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AACCGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGACUGCCAGGGCACUUGGGAAUGGCAAGGAAACCGUUACCAUUACUGAGUUUAGUAAUGGUAACGGUUCUCUUGCUGUACCCAGAAAACGUGCGAGAAGAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGACUGCCAGGGCACUU--| A GA A GGG AUGGCAAG AACCGUUACCAUUACUG G CCC UGUCGUUC UUGGCAAUGGUAAUGAU U GAGAAGAGCGUGCAAAAGA^ A UC U 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | As a non-canonical (Group 4, Kim et al. 2016) miRNA there is no discrete 3p read and the 3' end of the mature miRNA is somewhat arbitrary. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | NA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-451_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAACCGUUACCAUUACUGAGUU -22
Get sequence
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