MirGeneDB ID | Dpu-Mir-67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-67 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Common water flea (Daphnia pulex) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dpu-mir-307 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-67-v1 Aga-Mir-67-v1 Agr-Mir-67-v1 Asu-Mir-67 Bge-Mir-67 Cbr-Mir-67 Cel-Mir-67 Csc-Mir-67-P12 Csc-Mir-67-P13 Cte-Mir-67 Dan-Mir-67-v1 Dgr-Mir-67 Dlo-Mir-67-P14-v1 Dlo-Mir-67-P15-v1 Dma-Mir-67 Dme-Mir-67-v1 Dmo-Mir-67-v1 Dsi-Mir-67-v1 Dya-Mir-67-v1 Eba-Mir-67-v1 Efe-Mir-67-P1 Efe-Mir-67-P2 Efe-Mir-67-P3 Egr-Mir-67 Gpa-Mir-67-P12-v1 Gpa-Mir-67-P13-v1 Gsa-Mir-67 Hme-Mir-67-v1 Hru-Mir-67 Isc-Mir-67 Lan-Mir-67 Lgi-Mir-67 Lpo-Mir-67-P7 Lpo-Mir-67-P8 Lpo-Mir-67-P9 Lpo-Mir-67-P10 Lpo-Mir-67-P11 Mgi-Mir-67-P4 Mgi-Mir-67-P5 Mgi-Mir-67-P6 Mom-Mir-67-v1 Npo-Mir-67 Obi-Mir-67 Ofu-Mir-67 Ovu-Mir-67 Pau-Mir-67 Pca-Mir-67 Pcr-Mir-67-v1 Pdu-Mir-67 Pve-Mir-67-v1 Rph-Mir-67-v1 Sma-Mir-67 Sme-Mir-67 Snu-Mir-67 Tca-Mir-67-v1 Tur-Mir-67 War-Mir-67-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Daphnia_pulex.V1.0) |
DAPPUscaffold_47: 641100-641192 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACAACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGUAGCAGUUUUUCACUUUCGGCGACUUUCCUCGUUCAAUUUGGUUGUGGUGUAGUUUUCCAAACAAAUAUGAUCAAUUUCGGUCACUUUCUGUUUUCGUCACAACCUCCUUGAGUGAGUGAAGUAGCGAAAGAUAAUUCAUCUGCCGUAAUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 70 AUGUAGCAGUUUUUCAC---| G G UC UUU GU UAGUUUUCCAAACAAAUAUGAU UUUCG C ACUU CUCGUUCAA GGUUGUG G \ AAAGC G UGAA GAGUGAGUU CCAACAC C C UAAUGCCGUCUACUUAAUAG^ - A GU CCU UG UUUUGUCUUUCACUGGCUUUAA 150 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dpu-Mir-67_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCUCGUUCAAUUUGGUUGUGGUG -23
Get sequence
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Mature sequence | Dpu-Mir-67_3p |
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mirBase accession | MIMAT0012665 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
70- UCACAACCUCCUUGAGUGAGUGA -93
Get sequence
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