| MirGeneDB ID | Agr-Mir-67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-67 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | West Indian fuzzy chiton (Acanthopleura granulata ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-67-v1 Aga-Mir-67-v1 Asu-Mir-67 Bge-Mir-67 Cbr-Mir-67 Cel-Mir-67 Cte-Mir-67 Dan-Mir-67-v1 Dgr-Mir-67 Dma-Mir-67 Dme-Mir-67-v1 Dmo-Mir-67-v1 Dpu-Mir-67 Dsi-Mir-67-v1 Dya-Mir-67-v1 Eba-Mir-67-v1 Egr-Mir-67 Gsa-Mir-67 Hme-Mir-67-v1 Hru-Mir-67 Isc-Mir-67 Lan-Mir-67 Lgi-Mir-67 Mom-Mir-67-v1 Npo-Mir-67 Obi-Mir-67 Ofu-Mir-67 Ovu-Mir-67 Pau-Mir-67 Pca-Mir-67 Pcr-Mir-67-v1 Pdu-Mir-67 Pve-Mir-67-v1 Rph-Mir-67-v1 Sma-Mir-67 Sme-Mir-67 Snu-Mir-67 Tca-Mir-67-v1 Tur-Mir-67 War-Mir-67-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_016165875.1_ASM1616587v1_Acanthopleura_granulata) |
JABBOT010000009.1: 12826730-12826787 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-67-v1) |
Mir-67-v1
JABBOT010000009.1: 12826730-12826787 [+]
Ensembl
Mir-67-v2 JABBOT010000009.1: 12826730-12826787 [+] Ensembl |
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| Variant | Agr-Mir-67-v1 |
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| Seed | CACAACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAUGAUGUAACAGAUGUGACUCCCGUUCUGCCUUGUUCAGCCUGGUUGUGAUGUAACAUGACGUCAUCACAACCUGCUUGAAUGAGGAAGAACAAGUUGCCUUGCCAACCGACUGUGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAUGAUGUAACAGAUGU---| CCC G UG - CU UAACA GACU GUUCU CCU UUCA GC GGUUGUGAUG \ UUGA CAAGA GGA AAGU CG CCAACACUAC U AGUGUCAGCCAACCGUUCCG^ A-- A GU U U- UGCAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Agr-Mir-67-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCUUGUUCAGCCUGGUUGUGAUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Agr-Mir-67-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UCACAACCUGCUUGAAUGAGGA -58
Get sequence
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| Variant | Agr-Mir-67-v2 |
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| Seed | ACAACCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAUGAUGUAACAGAUGUGACUCCCGUUCUGCCUUGUUCAGCCUGGUUGUGAUGUAACAUGACGUCAUCACAACCUGCUUGAAUGAGGAAGAACAAGUUGCCUUGCCAACCGACUGUGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAUGAUGUAACAGAUGU---| CCC G UG - CU GUAACA GACU GUUCU CCU UUCA GC GGUUGUGAU \ UUGA CAAGA GGA AAGU CG CCAACACUA U AGUGUCAGCCAACCGUUCCG^ A-- A GU U U- CUGCAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Agr-Mir-67-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCUUGUUCAGCCUGGUUGUGAU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Agr-Mir-67-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CACAACCUGCUUGAAUGAGGA -58
Get sequence
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