MirGeneDB ID | Asu-Mir-67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-67 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACAACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Large roundworm (Ascaris suum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | asu-mir-67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-67-v1 Aae-Mir-67-v2 Bge-Mir-67 Cbr-Mir-67 Cel-Mir-67 Cgi-Mir-67-P4 Cgi-Mir-67-P5 Cgi-Mir-67-P6 Csc-Mir-67 Cte-Mir-67 Dan-Mir-67-v1 Dan-Mir-67-v2 Dma-Mir-67 Dme-Mir-67-v1 Dme-Mir-67-v2 Dme-Mir-67-v3 Dmo-Mir-67-v1 Dmo-Mir-67-v2 Dpu-Mir-67 Dsi-Mir-67-v1 Dsi-Mir-67-v2 Dsi-Mir-67-v3 Dya-Mir-67-v1 Dya-Mir-67-v2 Dya-Mir-67-v3 Efe-Mir-67-P1 Efe-Mir-67-P2 Efe-Mir-67-P3 Hme-Mir-67-v1 Hme-Mir-67-v2 Isc-Mir-67 Lan-Mir-67 Lgi-Mir-67 Lpo-Mir-67-P7 Lpo-Mir-67-P8 Lpo-Mir-67-P9 Lpo-Mir-67-P10 Lpo-Mir-67-P11 Npo-Mir-67 Obi-Mir-67 Ovu-Mir-67 Sme-Mir-67 Tca-Mir-67-v1 Tca-Mir-67-v2 Tca-Mir-67-v3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ASU_PRJNA80881_plustraces) |
Scaffold214: 388322-388383 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGUGUAGCCAUCUUCUGCUCGAGGGCACUUAGCUCGCUCGGCUGGUUGUUAGAUGUUUCUGCUGUUCAUCACAACCUCCUUGAGUGAGUUGAAAGCCCUCAUGCUGACGAAGCGAUCUUCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AGUGUAGCCAUCUUCUGCUC-- AC CU-| UA UUUCU GAGGGC UUAGCUCGCUCGG GGUUGU GAUG \ CUCCCG AGUUGAGUGAGUU CCAACA CUAC G UACUUCUAGCGAAGCAGUCGUA AA CCU^ -- UUGUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Asu-Mir-67_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0021523 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCUCGCUCGGCUGGUUGUUAGAUG -25
Get sequence
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Mature sequence | Asu-Mir-67_3p (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0021524 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UCACAACCUCCUUGAGUGAGUUGA -62
Get sequence
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