MirGeneDB ID | Cte-Mir-67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-67 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cte-mir-67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-67-v1 Aga-Mir-67-v1 Agr-Mir-67-v1 Asu-Mir-67 Bge-Mir-67 Cbr-Mir-67 Cel-Mir-67 Csc-Mir-67-P12 Csc-Mir-67-P13 Dan-Mir-67-v1 Dgr-Mir-67 Dlo-Mir-67-P14-v1 Dlo-Mir-67-P15-v1 Dma-Mir-67 Dme-Mir-67-v1 Dmo-Mir-67-v1 Dpu-Mir-67 Dsi-Mir-67-v1 Dya-Mir-67-v1 Eba-Mir-67-v1 Efe-Mir-67-P1 Efe-Mir-67-P2 Efe-Mir-67-P3 Egr-Mir-67 Gpa-Mir-67-P12-v1 Gpa-Mir-67-P13-v1 Gsa-Mir-67 Hme-Mir-67-v1 Hru-Mir-67 Isc-Mir-67 Lan-Mir-67 Lgi-Mir-67 Lpo-Mir-67-P7 Lpo-Mir-67-P8 Lpo-Mir-67-P9 Lpo-Mir-67-P10 Lpo-Mir-67-P11 Mgi-Mir-67-P4 Mgi-Mir-67-P5 Mgi-Mir-67-P6 Mom-Mir-67-v1 Npo-Mir-67 Obi-Mir-67 Ofu-Mir-67 Ovu-Mir-67 Pau-Mir-67 Pca-Mir-67 Pcr-Mir-67-v1 Pdu-Mir-67 Pve-Mir-67-v1 Rph-Mir-67-v1 Sma-Mir-67 Sme-Mir-67 Snu-Mir-67 Tca-Mir-67-v1 Tur-Mir-67 War-Mir-67-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_664: 25476-25536 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACAACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUUUCUUUGGCAAUCUGCCCAGCGAUCUUACCUCAUUCAGUGGUGUUGCGAUGCUGGAAGCGCUCAUCACAACCUGCAUGAAUGAGGUAAGGUCAUGGAGCAUGCGCAACCAACGCCUCAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CAUUUCUUUGGCAAUCU-- -| GC - UG U C CUGGA GC CCA GAUCUUACCUCAUUCA G G GUUG GAUG \ CG GGU CUGGAAUGGAGUAAGU C C CAAC CUAC A ACUCCGCAACCAACGCGUA A^ A- A GU - A UCGCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cte-Mir-67_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACCUCAUUCAGUGGUGUUGCGAUG -24
Get sequence
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Mature sequence | Cte-Mir-67_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009675 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UCACAACCUGCAUGAAUGAGGUAA -61
Get sequence
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