MirGeneDB ID | Bko-Mir-1175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1175 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Monogonont Rotifer 2 (Brachionus koreanus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-1175 Aga-Mir-1175-v1 Agr-Mir-1175 Asu-Mir-1175 Ava-Mir-1175-P10 Ava-Mir-1175-P11 Bge-Mir-1175 Bpl-Mir-1175 Cte-Mir-1175 Dan-Mir-1175 Dgr-Mir-1175 Dlo-Mir-1175 Dma-Mir-1175 Dme-Mir-1175 Dmo-Mir-1175 Dpu-Mir-1175 Dsi-Mir-1175 Dya-Mir-1175-P3 Dya-Mir-1175-P4 Eba-Mir-1175 Efe-Mir-1175-P1 Efe-Mir-1175-P2 Gpa-Mir-1175 Gsa-Mir-1175 Gsp-Mir-1175 Hme-Mir-1175 Hru-Mir-1175 Isc-Mir-1175 Lan-Mir-1175 Lgi-Mir-1175 Llo-Mir-1175 Lpo-Mir-1175-P5 Lpo-Mir-1175-P6 Lpo-Mir-1175-P7 Mgi-Mir-1175 Mom-Mir-1175 Npo-Mir-1175 Obi-Mir-1175 Ofu-Mir-1175 Ovu-Mir-1175 Pau-Mir-1175 Pca-Mir-1175 Pcr-Mir-1175-P12-v1 Pcr-Mir-1175-P13 Pdu-Mir-1175 Pve-Mir-1175 Rph-Mir-1175 Sma-Mir-1175 Sme-Mir-1175-P8 Sme-Mir-1175-P9 Sne-Mir-1175 Snu-Mir-1175 Tca-Mir-1175 Tur-Mir-1175-v1 War-Mir-1175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Brachionus_koreanusGCA_016987375.1_Bk_v0.5.4_genomic) |
PJRA01000453.1: 780411-780485 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1175) |
Mir-1175
PJRA01000453.1: 780411-780485 [-]
Ensembl
Mir-750 PJRA01000453.1: 780567-780641 [-] Ensembl |
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Seed | GAGAUUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUUAAAAAAAAAAAUAUGAAUUUUAGUUUAGGUGAAGAAGUGAAUCUUAUCUUGCUAUUUAAUAUGAUAUUUCAUCAUGGUGAGAUUCAACUAACUUCACUUGAAUUAGAUUUGUUAGUGACAUCAUAGAAAAUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUUAAAAAAAAAAAUAUGAAU-- A- -| UUGCUAUUUAAUA UUUAGUUUAGGUGAAG AG UGAAUCUUAUC \ AGAUUAAGUUCACUUC UC ACUUAGAGUGG U UAAAAGAUACUACAGUGAUUGUUU AA A^ UACUACUUUAUAG 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Bko-Mir-1175_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGUGAAGAAGUGAAUCUUAUC -22
Get sequence
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Mature sequence | Bko-Mir-1175_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
51- UGAGAUUCAACUAACUUCACUUGA -75
Get sequence
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