| MirGeneDB ID | Tur-Mir-1175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1175 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Two-spotted spider mite (Tetranychus urticae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-1175 Aga-Mir-1175-v1 Agr-Mir-1175 Asu-Mir-1175 Bge-Mir-1175 Bko-Mir-1175 Bpl-Mir-1175 Cte-Mir-1175 Dan-Mir-1175 Dgr-Mir-1175 Dlo-Mir-1175 Dma-Mir-1175 Dme-Mir-1175 Dmo-Mir-1175 Dpu-Mir-1175 Dsi-Mir-1175 Eba-Mir-1175 Gpa-Mir-1175 Gsa-Mir-1175 Gsp-Mir-1175 Hme-Mir-1175 Hru-Mir-1175 Isc-Mir-1175 Lan-Mir-1175 Lgi-Mir-1175 Llo-Mir-1175 Mgi-Mir-1175 Mom-Mir-1175 Npo-Mir-1175 Obi-Mir-1175 Ofu-Mir-1175 Ovu-Mir-1175 Pau-Mir-1175 Pca-Mir-1175 Pdu-Mir-1175 Pve-Mir-1175 Rph-Mir-1175 Sma-Mir-1175 Sne-Mir-1175 Snu-Mir-1175 Tca-Mir-1175 War-Mir-1175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000239435.1_ASM23943v1_genomic_TUR_traces) |
HE587319.1: 654009-654071 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1175-v1) |
Mir-1175-v1
HE587319.1: 654009-654071 [-]
Ensembl
Mir-1175-v2 HE587319.1: 654012-654068 [-] Ensembl Mir-750 HE587319.1: 654152-654217 [-] Ensembl |
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| Variant | Tur-Mir-1175-v1 |
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| Seed | GAGAUUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAUUUUAUUGUUAUAAUCGGUGAGAGUCAAGGUGGAGAAGUAGUCUCUUCACUUUGAAUAAUGGUAAGUGAGAUUCAACUCCUCCAACUUAUUUUCUCACUGAUAAAUCAUCUUUAACCCGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AUAUUUUAUUGUUAUAA-- UC- G A --| UUCACUUUGA UCGGUGAGAG AAG UGGAG AGU AGUCUC A AGUCACUCUU UUC ACCUC UCA UUAGAG U AGCCCAAUUUCUACUAAAU UUA A C AC^ UGAAUGGUAA 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tur-Mir-1175-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUGGAGAAGUAGUCUCUUCACU -24
Get sequence
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| Mature sequence | Tur-Mir-1175-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGAGAUUCAACUCCUCCAACUUAU -63
Get sequence
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| Variant | Tur-Mir-1175-v2 |
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| Seed | GGAGAAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUUAUUGUUAUAAUCGGUGAGAGUCAAGGUGGAGAAGUAGUCUCUUCACUUUGAAUAAUGGUAAGUGAGAUUCAACUCCUCCAACUUAUUUUCUCACUGAUAAAUCAUCUUUAACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUUUAUUGUUAUAAUCG-- UC- G A --| UUCACUUUGA GUGAGAG AAG UGGAG AGU AGUCUC A CACUCUU UUC ACCUC UCA UUAGAG U CCAAUUUCUACUAAAUAGU UUA A C AC^ UGAAUGGUAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tur-Mir-1175-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGAGAAGUAGUCUCUUCACU -21
Get sequence
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| Star sequence | Tur-Mir-1175-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UGAGAUUCAACUCCUCCAACU -57
Get sequence
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