| MirGeneDB ID | Agr-Mir-1175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1175 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | West Indian fuzzy chiton (Acanthopleura granulata ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-1175 Aga-Mir-1175-v1 Asu-Mir-1175 Ava-Mir-1175-P10 Ava-Mir-1175-P11 Bge-Mir-1175 Bko-Mir-1175 Bpl-Mir-1175 Cte-Mir-1175 Dan-Mir-1175 Dgr-Mir-1175 Dlo-Mir-1175 Dma-Mir-1175 Dme-Mir-1175 Dmo-Mir-1175 Dpu-Mir-1175 Dsi-Mir-1175 Dya-Mir-1175-P3 Dya-Mir-1175-P4 Eba-Mir-1175 Efe-Mir-1175-P1 Efe-Mir-1175-P2 Gpa-Mir-1175 Gsa-Mir-1175 Gsp-Mir-1175 Hme-Mir-1175 Hru-Mir-1175 Isc-Mir-1175 Lan-Mir-1175 Lgi-Mir-1175 Llo-Mir-1175 Lpo-Mir-1175-P5 Lpo-Mir-1175-P6 Lpo-Mir-1175-P7 Mgi-Mir-1175 Mom-Mir-1175 Npo-Mir-1175 Obi-Mir-1175 Ofu-Mir-1175 Ovu-Mir-1175 Pau-Mir-1175 Pca-Mir-1175 Pcr-Mir-1175-P12-v1 Pcr-Mir-1175-P13 Pdu-Mir-1175 Pve-Mir-1175 Rph-Mir-1175 Sma-Mir-1175 Sme-Mir-1175-P8 Sme-Mir-1175-P9 Sne-Mir-1175 Snu-Mir-1175 Tca-Mir-1175 Tur-Mir-1175-v1 War-Mir-1175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_016165875.1_ASM1616587v1_Acanthopleura_granulata) |
JABBOT010000004.1: 3490621-3490682 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1175) |
Mir-750
JABBOT010000004.1: 3486762-3486827 [+]
Ensembl
Mir-1175 JABBOT010000004.1: 3490621-3490682 [+] Ensembl |
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| Seed | GAGAUUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUAUUUAUAUCAAGUUGGGCCUUUCCAGCAGUGGAGAGAGUUUUAUCUCAUCCUUCUCAGAUCUCCGGUGAGAUUCAACUCCUCCAACUGCCCGGUUGGCCCAAAUGCUGCAUGAUAUGGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUAUUUAUAUCAAGUU-- UUU A- -| A UU CUUCUC GGGCC CC GCAG UGGAG GAGUU AUCUCAUC A CCCGG GG CGUC ACCUC CUCAA UAGAGUGG G GGGUAUAGUACGUCGUAAA UU- CC A^ - CU CCUCUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Agr-Mir-1175_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGAGAGAGUUUUAUCUCAUC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Agr-Mir-1175_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGAGAUUCAACUCCUCCAACUGC -62
Get sequence
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