| MirGeneDB ID | Hru-Mir-1175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1175 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red Abalone (Haliotis rufescens) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-1175 Aga-Mir-1175-v1 Agr-Mir-1175 Asu-Mir-1175 Ava-Mir-1175-P10 Ava-Mir-1175-P11 Bge-Mir-1175 Bko-Mir-1175 Bpl-Mir-1175 Cte-Mir-1175 Dan-Mir-1175 Dgr-Mir-1175 Dlo-Mir-1175 Dma-Mir-1175 Dme-Mir-1175 Dmo-Mir-1175 Dpu-Mir-1175 Dsi-Mir-1175 Dya-Mir-1175-P3 Dya-Mir-1175-P4 Eba-Mir-1175 Efe-Mir-1175-P1 Efe-Mir-1175-P2 Gpa-Mir-1175 Gsa-Mir-1175 Gsp-Mir-1175 Hme-Mir-1175 Isc-Mir-1175 Lan-Mir-1175 Lgi-Mir-1175 Llo-Mir-1175 Lpo-Mir-1175-P5 Lpo-Mir-1175-P6 Lpo-Mir-1175-P7 Mgi-Mir-1175 Mom-Mir-1175 Npo-Mir-1175 Obi-Mir-1175 Ofu-Mir-1175 Ovu-Mir-1175 Pau-Mir-1175 Pca-Mir-1175 Pcr-Mir-1175-P12-v1 Pcr-Mir-1175-P13 Pdu-Mir-1175 Pve-Mir-1175 Rph-Mir-1175 Sma-Mir-1175 Sme-Mir-1175-P8 Sme-Mir-1175-P9 Sne-Mir-1175 Snu-Mir-1175 Tca-Mir-1175 Tur-Mir-1175-v1 War-Mir-1175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_023055435.1_xgHalRufe1.0.p_genomic_plus_traces) |
JALGQA010000002.1: 36169534-36169592 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1175) |
Mir-750
JALGQA010000002.1: 36159394-36159452 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-1175 JALGQA010000002.1: 36169534-36169592 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUGGAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAGACUGUCCUACCUGAGGUGCAUUGUGUAGUGGAGAGAGUUUUAUCUCAUCUAUUUAACAAAUGUGAGAUUCAACUCCUCCAACUGCAAAUAGCACCUGUUGACAUCAGGACAUCAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAAGACUGUCCUACCUG-- AUUG -| A UU CUAUUU AGGUGC UGUAG UGGAG GAGUU AUCUCAU \ UCCACG ACGUC ACCUC CUCAA UAGAGUG A UACUACAGGACUACAGUUG AUAA A^ - CU UAAACA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Hru-Mir-1175_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGAGAGAGUUUUAUCUCAUC -23
Get sequence
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| Co-mature sequence | Hru-Mir-1175_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UGAGAUUCAACUCCUCCAACUGC -59
Get sequence
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