| MirGeneDB ID | Aga-Mir-1175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1175 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African malaria mosquito (Anopheles gambiae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aga-mir-1175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-1175 Agr-Mir-1175 Asu-Mir-1175 Bge-Mir-1175 Bko-Mir-1175 Bpl-Mir-1175 Cte-Mir-1175 Dan-Mir-1175 Dgr-Mir-1175 Dlo-Mir-1175 Dma-Mir-1175 Dme-Mir-1175 Dmo-Mir-1175 Dpu-Mir-1175 Dsi-Mir-1175 Eba-Mir-1175 Gpa-Mir-1175 Gsa-Mir-1175 Gsp-Mir-1175 Hme-Mir-1175 Hru-Mir-1175 Isc-Mir-1175 Lan-Mir-1175 Lgi-Mir-1175 Llo-Mir-1175 Mgi-Mir-1175 Mom-Mir-1175 Npo-Mir-1175 Obi-Mir-1175 Ofu-Mir-1175 Ovu-Mir-1175 Pau-Mir-1175 Pca-Mir-1175 Pdu-Mir-1175 Pve-Mir-1175 Rph-Mir-1175 Sma-Mir-1175 Sne-Mir-1175 Snu-Mir-1175 Tca-Mir-1175 Tur-Mir-1175-v1 War-Mir-1175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_943734735.2_idAnoGambNW_F1_1_genomic) |
NC_064601.1: 9041601-9041662 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1175-v1) |
Mir-750
NC_064601.1: 9041322-9041480 [+]
Ensembl
Mir-1175-v2 NC_064601.1: 9041600-9041663 [+] Ensembl Mir-1175-v1 NC_064601.1: 9041601-9041662 [+] Ensembl |
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| Variant | Aga-Mir-1175-v1 |
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| Seed | AGUGGAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAAUGUAUAUGUAUAUCACGAUAUGGAAUAAGUGGAGUAGUGGUCUCAUCGCUUAGCUUCAGAAAAGUGAGAUUCUACUUCUCCGACUUAAUUCAUAUCUAGUUGAAUCAACAGUACCGUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCAAUGUAUAUGUAUAUCAC-- A -| U UC A UAGCU GAUAUGGA UAAGU GGAG AGUGG UC UCGCU U CUAUACUU AUUCA CCUC UCAUC AG AGUGA C AUGCCAUGACAACUAAGUUGAU A G^ U UU - AAAGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aga-Mir-1175-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAGUGGAGUAGUGGUCUCAUCGCU -24
Get sequence
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| Co-mature sequence | Aga-Mir-1175-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0005525 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGAGAUUCUACUUCUCCGACUUAA -62
Get sequence
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| Variant | Aga-Mir-1175-v2 |
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| Seed | AAGUGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCAAUGUAUAUGUAUAUCACGAUAUGGAAUAAGUGGAGUAGUGGUCUCAUCGCUUAGCUUCAGAAAAGUGAGAUUCUACUUCUCCGACUUAAUUCAUAUCUAGUUGAAUCAACAGUACCGUACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCCAAUGUAUAUGUAUAUCAC-- A -| U UC A UAGCU GAUAUGGA UAAGU GGAG AGUGG UC UCGCU U CUAUACUU AUUCA CCUC UCAUC AG AGUGA C CAUGCCAUGACAACUAAGUUGAU A G^ U UU - AAAGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aga-Mir-1175-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAGUGGAGUAGUGGUCUCAUCGCU -25
Get sequence
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| Co-mature sequence | Aga-Mir-1175-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0005525 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGAGAUUCUACUUCUCCGACUUAAU -64
Get sequence
|
