| MirGeneDB ID | Bko-Mir-750 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-750 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Monogonont Rotifer 2 (Brachionus koreanus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-750 Aga-Mir-750 Agr-Mir-750 Asu-Mir-750 Ava-Mir-750-P9 Ava-Mir-750-P10 Bge-Mir-750 Bpl-Mir-750 Csc-Mir-750-P7 Csc-Mir-750-P8 Cte-Mir-750 Dgr-Mir-750 Dlo-Mir-750 Dma-Mir-750 Dpu-Mir-750 Eba-Mir-750 Efe-Mir-750-P1 Efe-Mir-750-P2 Efe-Mir-750-P3 Esc-Mir-750 Hme-Mir-750 Hru-Mir-750 Isc-Mir-750 Lan-Mir-750 Lgi-Mir-750 Llo-Mir-750 Lpo-Mir-750-P4 Lpo-Mir-750-P5 Lpo-Mir-750-P6 Mgi-Mir-750 Mom-Mir-750 Npo-Mir-750 Obi-Mir-750 Ofu-Mir-750 Ovu-Mir-750 Pau-Mir-750 Pca-Mir-750 Pcr-Mir-750 Pdu-Mir-750 Pve-Mir-750 Rph-Mir-750 Sma-Mir-750 Sme-Mir-750 Snu-Mir-750 Tca-Mir-750 Tur-Mir-750 War-Mir-750 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Brachionus_koreanusGCA_016987375.1_Bk_v0.5.4_genomic) |
PJRA01000453.1: 780567-780641 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-750) |
Mir-1175
PJRA01000453.1: 780411-780485 [-]
Ensembl
Mir-750 PJRA01000453.1: 780567-780641 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGAUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUUUUUCAAACAAUAAAAGAGAAGAACUGAGCUAAAAGACUAGAGAUGACAAUGGAAAAAAAAUAUUUUUAGAAUCAUGAUGUCAGAUCUAACUCUUUUGGCAUUAGUUUACUUUUGGGCAAUCAUCGUCGUUUUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUUUUUCAAACAAUAAAAG -- - C-| GA AUGGAAAAAAAAUA AGAAG AACUGA GCUAAAAGA UAGA UGACA \ UUUUC UUGAUU CGGUUUUCU AUCU ACUGU U UUUUGCUGCUACUAACGGG AU A CA^ AG AGUACUAAGAUUUU 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Bko-Mir-750_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUAAAAGACUAGAGAUGACA -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Bko-Mir-750_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
52- UCAGAUCUAACUCUUUUGGCAUU -75
Get sequence
|
