MirGeneDB ID | Lpo-Mir-750-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-750 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Atlantic horseshoe crab (Limulus polyphemus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Lpo-Mir-750-P4 Lpo-Mir-750-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-750 Aga-Mir-750 Agr-Mir-750 Asu-Mir-750 Bge-Mir-750 Bko-Mir-750 Bpl-Mir-750 Cte-Mir-750 Dgr-Mir-750 Dlo-Mir-750 Dma-Mir-750 Dpu-Mir-750 Eba-Mir-750 Esc-Mir-750 Hme-Mir-750 Hru-Mir-750 Isc-Mir-750 Lan-Mir-750 Lgi-Mir-750 Llo-Mir-750 Mgi-Mir-750 Mom-Mir-750 Npo-Mir-750 Obi-Mir-750 Ofu-Mir-750 Ovu-Mir-750 Pau-Mir-750 Pca-Mir-750 Pcr-Mir-750 Pdu-Mir-750 Pve-Mir-750 Rph-Mir-750 Sma-Mir-750 Sme-Mir-750 Snu-Mir-750 Tca-Mir-750 Tur-Mir-750 War-Mir-750 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000517525.1_Limulus_polyphemus-2.1.2_genomic) |
NW_013666035.1: 105196-105262 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-750-P6) |
Mir-750-P6
NW_013666035.1: 105196-105262 [+]
Ensembl
Mir-1175-P6 NW_013666035.1: 105989-106048 [+] Ensembl |
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Seed | CAGAUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCAGUAAUAGGUAGUUUUUGUGUCUGUUUGAGCUGGAAGUAGGGGUCUCGACAUCAGAAUUAUUUGAAGAUAUGUCAGAUCUAACUCUUCCAGCUCACUCAUGUGCAAAAUAGUCGCCAGGAAGAAAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UCAGUAAUAGGUAGUUU-- UG C UU UAG-| C UCAGAAUUA UUG U UG UGAGCUGGAAG GGGUCU GACA \ AAC G AC ACUCGACCUUC UCUAGA CUGU U AAAGAAGGACCGCUGAUAA GU U UC UCAA^ - AUAGAAGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Lpo-Mir-750-P6_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCUGGAAGUAGGGGUCUCGACA -23
Get sequence
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Mature sequence | Lpo-Mir-750-P6_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
44- UCAGAUCUAACUCUUCCAGCUCA -67
Get sequence
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