| MirGeneDB ID | Sme-Mir-750 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-750 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Freshwater planarian (Schmidtea mediterranea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sme-mir-750 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-750 Aga-Mir-750 Agr-Mir-750 Asu-Mir-750 Ava-Mir-750-P9 Ava-Mir-750-P10 Bge-Mir-750 Bko-Mir-750 Bpl-Mir-750 Csc-Mir-750-P7 Csc-Mir-750-P8 Cte-Mir-750 Dgr-Mir-750 Dlo-Mir-750 Dma-Mir-750 Dpu-Mir-750 Eba-Mir-750 Efe-Mir-750-P1 Efe-Mir-750-P2 Efe-Mir-750-P3 Esc-Mir-750 Hme-Mir-750 Hru-Mir-750 Isc-Mir-750 Lan-Mir-750 Lgi-Mir-750 Llo-Mir-750 Lpo-Mir-750-P4 Lpo-Mir-750-P5 Lpo-Mir-750-P6 Mgi-Mir-750 Mom-Mir-750 Npo-Mir-750 Obi-Mir-750 Ofu-Mir-750 Ovu-Mir-750 Pau-Mir-750 Pca-Mir-750 Pcr-Mir-750 Pdu-Mir-750 Pve-Mir-750 Rph-Mir-750 Sma-Mir-750 Snu-Mir-750 Tca-Mir-750 Tur-Mir-750 War-Mir-750 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Sme_GCA_002600895.1_ASM260089v1_alt) |
NNSW01000064_dd_Smes_g4_64: 240588-240657 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-750) |
Mir-1175-P9
NNSW01000064_dd_Smes_g4_64: 240466-240524 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-750 NNSW01000064_dd_Smes_g4_64: 240588-240657 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGAUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AACAUAAAAUAAUUGAAAUCAGAUUUUCAGCACUGGAAGGUUUGGUUUAGCUGCUGUGCACCGUCAUGUCGACACAGUCAGAUCUAACUCUUCCAGUUCUAAAGCUGAUAGCGAACGUCGGUUUCCGGUUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AACAUAAAAUAAUUGAA----| A C C - U AG GCUGUGCACCG AUCAG UUUU AG ACUGGAAG GUU GGUUU CU \ UAGUC GAAA UC UGACCUUC CAA CUAGA GA U UUGGCCUUUGGCUGCAAGCGA^ - - U U U CU CACAGCUGUAC . 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Sme-Mir-750_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0012124 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CACUGGAAGGUUUGGUUUAGCU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Sme-Mir-750_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0004017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
47- UCAGAUCUAACUCUUCCAGUUCU -70
Get sequence
|
