MirGeneDB ID | Sme-Mir-750 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-750 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGAUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Freshwater planarian (Schmidtea mediterranea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | sme-mir-750 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-750 Asu-Mir-750 Bge-Mir-750 Bpl-Mir-750 Cgi-Mir-750 Csc-Mir-750-P8 Csc-Mir-750-P9 Cte-Mir-750 Dma-Mir-750 Dpu-Mir-750 Efe-Mir-750-P1 Efe-Mir-750-P2 Efe-Mir-750-P3 Esc-Mir-750 Hme-Mir-750 Isc-Mir-750 Lan-Mir-750 Lgi-Mir-750 Lpo-Mir-750-P5 Lpo-Mir-750-P6 Lpo-Mir-750-P7 Npo-Mir-750 Obi-Mir-750 Ovu-Mir-750 Tca-Mir-750 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Sme_GCA_002600895.1_ASM260089v1_alt) |
NNSW01000064_dd_Smes_g4_64: 240588-240657 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-750) |
Mir-1175-P9
NNSW01000064_dd_Smes_g4_64: 240466-240524 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-750 NNSW01000064_dd_Smes_g4_64: 240588-240657 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AACAUAAAAUAAUUGAAAUCAGAUUUUCAGCACUGGAAGGUUUGGUUUAGCUGCUGUGCACCGUCAUGUCGACACAGUCAGAUCUAACUCUUCCAGUUCUAAAGCUGAUAGCGAACGUCGGUUUCCGGUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AACAUAAAAUAAUUGAA----| A C C - U AG GCUGUGCACCG AUCAG UUUU AG ACUGGAAG GUU GGUUU CU \ UAGUC GAAA UC UGACCUUC CAA CUAGA GA U UUGGCCUUUGGCUGCAAGCGA^ - - U U U CU CACAGCUGUAC . 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Sme-Mir-750_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0012124 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CACUGGAAGGUUUGGUUUAGCU -22
Get sequence
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Mature sequence | Sme-Mir-750_3p |
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mirBase accession | MIMAT0004017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
47- UCAGAUCUAACUCUUCCAGUUCU -70
Get sequence
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