| MirGeneDB ID | Rph-Mir-750 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-750 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Japanese carpet shell (Ruditapes philippinarum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-750 Aga-Mir-750 Agr-Mir-750 Asu-Mir-750 Ava-Mir-750-P9 Ava-Mir-750-P10 Bge-Mir-750 Bko-Mir-750 Bpl-Mir-750 Csc-Mir-750-P7 Csc-Mir-750-P8 Cte-Mir-750 Dgr-Mir-750 Dlo-Mir-750 Dma-Mir-750 Dpu-Mir-750 Eba-Mir-750 Efe-Mir-750-P1 Efe-Mir-750-P2 Efe-Mir-750-P3 Esc-Mir-750 Hme-Mir-750 Hru-Mir-750 Isc-Mir-750 Lan-Mir-750 Lgi-Mir-750 Llo-Mir-750 Lpo-Mir-750-P4 Lpo-Mir-750-P5 Lpo-Mir-750-P6 Mgi-Mir-750 Mom-Mir-750 Npo-Mir-750 Obi-Mir-750 Ofu-Mir-750 Ovu-Mir-750 Pau-Mir-750 Pca-Mir-750 Pcr-Mir-750 Pdu-Mir-750 Pve-Mir-750 Sma-Mir-750 Sme-Mir-750 Snu-Mir-750 Tca-Mir-750 Tur-Mir-750 War-Mir-750 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Ruditapes_GCA_009026015) |
CM018525.1: 41611523-41611581 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-750) |
Mir-750
CM018525.1: 41611523-41611581 [+]
Ensembl
Mir-1175 CM018525.1: 41615516-41615580 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGAUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGGAUAGUUGUUAACUGAGUGUGGCUGUUGGUUGGAAGGUUUGAUCUUCGCAGUAUUAAGUCAUGCCAGAUCUAACUCUUCCAGCUCACAGACAUAUUAUACAUGAUUCUACACAAUAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAGGAUAGUUGUUAACUG-- G U -| U UC GUAUU AGUGUG CUGU GGUUGGAAG GUU GAUCU GCA \ UUAUAC GACA UCGACCUUC CAA CUAGA CGU A AUAACACAUCUUAGUACAUA A C U^ U C- ACUGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Rph-Mir-750_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUUGGAAGGUUUGAUCUUCGCA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Rph-Mir-750_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CCAGAUCUAACUCUUCCAGCUCA -59
Get sequence
|
