| MirGeneDB ID | Dpu-Mir-750 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-750 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common water flea (Daphnia pulex) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-750 Aga-Mir-750 Agr-Mir-750 Asu-Mir-750 Ava-Mir-750-P9 Ava-Mir-750-P10 Bge-Mir-750 Bko-Mir-750 Bpl-Mir-750 Csc-Mir-750-P7 Csc-Mir-750-P8 Cte-Mir-750 Dgr-Mir-750 Dlo-Mir-750 Dma-Mir-750 Eba-Mir-750 Efe-Mir-750-P1 Efe-Mir-750-P2 Efe-Mir-750-P3 Esc-Mir-750 Hme-Mir-750 Hru-Mir-750 Isc-Mir-750 Lan-Mir-750 Lgi-Mir-750 Llo-Mir-750 Lpo-Mir-750-P4 Lpo-Mir-750-P5 Lpo-Mir-750-P6 Mgi-Mir-750 Mom-Mir-750 Npo-Mir-750 Obi-Mir-750 Ofu-Mir-750 Ovu-Mir-750 Pau-Mir-750 Pca-Mir-750 Pcr-Mir-750 Pdu-Mir-750 Pve-Mir-750 Rph-Mir-750 Sma-Mir-750 Sme-Mir-750 Snu-Mir-750 Tca-Mir-750 Tur-Mir-750 War-Mir-750 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Daphnia_pulex.V1.0) |
DAPPUscaffold_113: 97296-97448 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-750) |
Mir-750
DAPPUscaffold_113: 97296-97448 [+]
Ensembl
Mir-1175 DAPPUscaffold_113: 97594-97659 [+] Ensembl |
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| Seed | CAGAUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCGCAUCUCUUUGGUAGCCUGGCCCGUCGAGUUGGAAGUGGGGAUCUCGGCAUUUUUGUCUUUGGUUCUCAAAAAGGUUACCGGCGCUUUGCAAUUUGCCGUUCCUAGUGGAUCCAGGCGAAUUCCAAACGUCGCGCCAACCCUUACAAUCGUUAUUUGCCAGAUCUAUCUCUUCCAGCUCACGGUCGCUACUCUCGUCGCCACCCGCUUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 GCCGCAUCUCUUUGGUAGCC- --| C U - C UUUUUGUCUUUGGUUCUCAAAAAGGUUACCGGCGCUUUGCAAUUUGCCGUUC UGGC CCGU GAGUUGGAAG GG GGAUCU GGCA \ AUCG GGCA CUCGACCUUC CU UCUAGA CCGU C UUUUCGCCCACCGCUGCUCUC CU^ - U A - UUAUUGCUAACAUUCCCAACCGCGCUGCAAACCUUAAGCGGACCUAGGUGAU 210 200 190 180 170 160 150 140 130 120 110 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dpu-Mir-750_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUGGAAGUGGGGAUCUCGGCA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dpu-Mir-750_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
130- CCAGAUCUAUCUCUUCCAGCUCA -153
Get sequence
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