MirGeneDB ID | Ava-Mir-750-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-750 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Bdelloid rotifer (Adineta vaga) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ava-Mir-750-P10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-750 Aga-Mir-750 Agr-Mir-750 Asu-Mir-750 Bge-Mir-750 Bko-Mir-750 Bpl-Mir-750 Cte-Mir-750 Dgr-Mir-750 Dlo-Mir-750 Dma-Mir-750 Dpu-Mir-750 Eba-Mir-750 Esc-Mir-750 Hme-Mir-750 Hru-Mir-750 Isc-Mir-750 Lan-Mir-750 Lgi-Mir-750 Llo-Mir-750 Mgi-Mir-750 Mom-Mir-750 Npo-Mir-750 Obi-Mir-750 Ofu-Mir-750 Ovu-Mir-750 Pau-Mir-750 Pca-Mir-750 Pcr-Mir-750 Pdu-Mir-750 Pve-Mir-750 Rph-Mir-750 Sma-Mir-750 Sme-Mir-750 Snu-Mir-750 Tca-Mir-750 Tur-Mir-750 War-Mir-750 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | A. vaga | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_021613535.1_ASM2161353v1_AVA) |
CP075495.1: 8298204-8298264 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-750-P9) |
Mir-1175-P11
CP075495.1: 8297250-8297312 [-]
Ensembl
Mir-750-P9 CP075495.1: 8298204-8298264 [-] Ensembl Novel-1 CP075495.1: 8323034-8323098 [+] Ensembl |
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Seed | GCUGGAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACGAUUCUUGUUUUCACUUAGUUGUAUAUCAGCUGGAAGAUGGAUUUCGCAUAGAUGUCUUCUGAUGCCAGAUCUAUAUUCUUCCAGCUCAUAUCAAUAAGUUUCUAGUCAUCAUCAAUAUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 ACGAUUCUUGUUUUCACUUA--- U C ---| C UAGAUG GUUG AUAU AGCUGGAAGA UGGAUUU GCA U UAAC UAUA UCGACCUUCU AUCUAGA CGU C UAUAACUACUACUGAUCUUUGAA - C UAU^ C AGUCUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ava-Mir-750-P9_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCUGGAAGAUGGAUUUCGCA -21
Get sequence
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Co-mature sequence | Ava-Mir-750-P9_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CCAGAUCUAUAUUCUUCCAGCUCA -61
Get sequence
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