| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-22-o1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-22 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGCUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bfl-mir-4868b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bfl-Mir-22-o1a Bfl-Mir-22-o1c Bfl-Mir-22-o3d Bfl-Mir-22-o3e Bfl-Mir-22-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-22-P1b Ami-Mir-22-P1b Bla-Mir-22-o1b Bla-Mir-22-P1 Bpl-Mir-22-P1 Bta-Mir-22-P1b Cfa-Mir-22-P1b Cgi-Mir-22-P1 Cli-Mir-22-P1b Cmi-Mir-22-P1b Cpi-Mir-22-P1b Cpo-Mir-22-P1b Cte-Mir-22-P1 Dno-Mir-22-P1b Dre-Mir-22-P1b1 Dre-Mir-22-P1b2 Esc-Mir-22-P1 Ete-Mir-22-P1b Gga-Mir-22-P1b Gja-Mir-22-P1b Gmo-Mir-22-P1b1 Gmo-Mir-22-P1b2 Hsa-Mir-22-P1b Lan-Mir-22-P1 Lch-Mir-22-P1b Lgi-Mir-22-P1 Loc-Mir-22-P1b Mal-Mir-22-P1b1 Mal-Mir-22-P1b2 Mdo-Mir-22-P1b Mml-Mir-22-P1b Mmu-Mir-22-P1b Mun-Mir-22-P1b Npo-Mir-22-P1 Oan-Mir-22-P1b Obi-Mir-22-P1 Ocu-Mir-22-P1b Ovu-Mir-22-P1 Pbv-Mir-22-P1b Pfl-Mir-22-P1 Rno-Mir-22-P1b Sha-Mir-22-P1b Sme-Mir-22-P1 Spt-Mir-22-P1b Sto-Mir-22-P1b Tgu-Mir-22-P1b Tni-Mir-22-P1b1 Tni-Mir-22-P1b2 Xla-Mir-22-P1b3 Xla-Mir-22-P1b4 Xtr-Mir-22-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049981.1: 9942475-9942534 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-22-o1b) |
Mir-22-o1b
NC_049981.1: 9942475-9942534 [-]
UCSC
Mir-22-o1a NC_049981.1: 9953158-9953217 [-] UCSC |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUUUCACCUAUGGUAAGCGUGUCGGCUUCCCUCAUCACACCGGAAGCUGUUACGUCACUUCCGCUGUAUCAGCUCCAGCUGUGAUGAGUGAAGGGGCAUGCACAGAACAACAGUACAACGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GUUUCACCUAUGGUAAG---| GG C CC- A U CGUCAC CGUGUC CUUC CUCAUCACA GGA GCUG UA U GUACGG GAAG GAGUAGUGU CCU CGAC AU U GCAACAUGACAACAAGACAC^ G- U CGA - U GUCGCC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is unclear if this paralogue group represents the ancestral Mir-22-P2 gene that is seed shifted or a new paralogue derived from the ancestral P1 gene. It is also unclear if this gene is orthologous to the Mir-22-o2 gene in ambulacrarians. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bfl-Mir-22-o1b_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUCAUCACACCGGAAGCUGUUA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Bfl-Mir-22-o1b_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0020105 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UCAGCUCCAGCUGUGAUGAGUG -60
Get sequence
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