MirGeneDB ID | Cfa-Mir-22-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-22 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCUGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-22-P1b Ami-Mir-22-P1b Bfl-Mir-22-o1b Bfl-Mir-22-P1 Bla-Mir-22-o1b Bla-Mir-22-P1 Bpl-Mir-22-P1 Bta-Mir-22-P1b Cgi-Mir-22-P1 Cli-Mir-22-P1b Cmi-Mir-22-P1b Cpi-Mir-22-P1b Cpo-Mir-22-P1b Cte-Mir-22-P1 Dno-Mir-22-P1b Dre-Mir-22-P1b1 Dre-Mir-22-P1b2 Esc-Mir-22-P1 Ete-Mir-22-P1b Gga-Mir-22-P1b Gja-Mir-22-P1b Gmo-Mir-22-P1b1 Gmo-Mir-22-P1b2 Hsa-Mir-22-P1b Lan-Mir-22-P1 Lch-Mir-22-P1b Lgi-Mir-22-P1 Loc-Mir-22-P1b Mal-Mir-22-P1b1 Mal-Mir-22-P1b2 Mdo-Mir-22-P1b Mml-Mir-22-P1b Mmu-Mir-22-P1b Mun-Mir-22-P1b Npo-Mir-22-P1 Oan-Mir-22-P1b Obi-Mir-22-P1 Ocu-Mir-22-P1b Ovu-Mir-22-P1 Pbv-Mir-22-P1b Pfl-Mir-22-P1 Rno-Mir-22-P1b Sha-Mir-22-P1b Sme-Mir-22-P1 Spt-Mir-22-P1b Sto-Mir-22-P1b Tgu-Mir-22-P1b Tni-Mir-22-P1b1 Tni-Mir-22-P1b2 Xla-Mir-22-P1b3 Xla-Mir-22-P1b4 Xtr-Mir-22-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr9: 45852534-45852593 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCCCACACCCUCAUCUGGCUGAGCCGCAGUAGUUCUUCAGUGGCAAGCUUUAUGUCCUGACCCAGCUAAAGCUGCCAGUUGAAGAACUGUUGCCCUCUGCCCCUGGCUUCAAGGAGGAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCCCACACCCUCAUCUG---| U CC - A UGUCCU GC GAG GCAGUAGUUCUUCAG UGGCA GCUUUA G CG CUC CGUUGUCAAGAAGUU ACCGU CGAAAU A GGAGGAGGAACUUCGGUCCC^ U C- G - CGACCC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cfa-Mir-22-P1b_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUUCUUCAGUGGCAAGCUUUA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cfa-Mir-22-P1b_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0006733 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- AAGCUGCCAGUUGAAGAACUGU -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-22 miRDB: MIMAT0006733 |