| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-22-o1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-22 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGCUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bfl-mir-4868a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bfl-Mir-22-o1b Bfl-Mir-22-o1c Bfl-Mir-22-o3d Bfl-Mir-22-o3e Bfl-Mir-22-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bla-Mir-22-o1a Bla-Mir-22-P1 Bpl-Mir-22-P1 Cgi-Mir-22-P1 Cmi-Mir-22-P1a Cte-Mir-22-P1 Dre-Mir-22-P1a Esc-Mir-22-P1 Gmo-Mir-22-P1a Lan-Mir-22-P1 Lch-Mir-22-P1a Lgi-Mir-22-P1 Loc-Mir-22-P1a Mal-Mir-22-P1a Npo-Mir-22-P1 Obi-Mir-22-P1 Ovu-Mir-22-P1 Pfl-Mir-22-P1 Sme-Mir-22-P1 Sto-Mir-22-P1a Tni-Mir-22-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049981.1: 9953158-9953217 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-22-o1a) |
Mir-22-o1b
NC_049981.1: 9942475-9942534 [-]
UCSC
Mir-22-o1a NC_049981.1: 9953158-9953217 [-] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGAUUGAGAAAUGAUGUGGUCUUCUCGCCCCUGAUCAGCCCGGAAGCUGUUACGUCACUUCCGUUGUAUCAGCUCCAGCGCUGAUCAGUGACGCGGUGACUUAAAAACAACUACGCCAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGAUUGAGAAAUGAUGU-- UU U CC-- CC-| A U CGUCAC GGUC C CGC CUGAUCAGC GGA GCUG UA U UCAG G GCG GACUAGUCG CCU CGAC AU U GGACCGCAUCAACAAAAAU U- - CAGU CGA^ - U GUUGCC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | It is unclear if this paralogue group represents the ancestral Mir-22-P2 gene that is seed shifted or a new paralogue derived from the ancestral P1 gene. It is also unclear if this gene is orthologous to the Mir-22-o2 gene in ambulacrarians. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Bfl-Mir-22-o1a_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUGAUCAGCCCGGAAGCUGUUA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Bfl-Mir-22-o1a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0020104 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UCAGCUCCAGCGCUGAUCAGUG -60
Get sequence
|
