MirGeneDB ID | Bfl-Mir-22-o3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-22 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCUGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bfl-mir-4900b-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bfl-Mir-22-o1a Bfl-Mir-22-o1b Bfl-Mir-22-o1c Bfl-Mir-22-o3e Bfl-Mir-22-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | B. floridae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049989.1: 18866452-18866510 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-22-o3d) |
Mir-22-o3e
NC_049989.1: 18866204-18866261 [-]
UCSC
Mir-22-o3d NC_049989.1: 18866452-18866510 [-] UCSC Mir-22-P1 NC_049989.1: 18881875-18881932 [-] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAGGAAUCCUGCAAUGGCCUCAGUUAGGGCUGUUCUUCGCUGGAGUAGCUCUGUGACUAUGGGACCAUAGCUGCCUGGCGAAGAAUGGUCCCUUGAGGUGCUGUCGACAAAUAACGCAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAGGAAUCCUGCAAUGG----| UUA UG A C UGACU CCUCAG GGGCUGUUCUUCGC G GUAGCU UG A GGAGUU CCUGGUAAGAAGCG C CGUCGA AC U AACGCAAUAAACAGCUGUCGU^ C-- GU - U CAGGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Bfl-Mir-22-o3d_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUUCUUCGCUGGAGUAGCUCUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Bfl-Mir-22-o3d_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0020493 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UAGCUGCCUGGCGAAGAAUGGU -59
Get sequence
|