| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-22-o3e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-22 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCUGGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bfl-mir-4900a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bfl-Mir-22-o1a Bfl-Mir-22-o1b Bfl-Mir-22-o1c Bfl-Mir-22-o3d Bfl-Mir-22-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | B. floridae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049989.1: 18866204-18866261 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-22-o3e) |
Mir-22-o3e
NC_049989.1: 18866204-18866261 [-]
UCSC
Mir-22-o3d NC_049989.1: 18866452-18866510 [-] UCSC Mir-22-P1 NC_049989.1: 18881875-18881932 [-] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAACAAACAAACAUGGGCUUUGCUAAGAGUUUUUCUUCCUUGGCACAGCUCUGUGACAGUGGAACAUAGCUGGCUGGCGAAGAAAUGCCCUUCCAAGGUUCUGUCGUCAUUACACCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAACAAACAAACAUGGG---| CU A U C UG A C UGACA CUUUG AAG GU UUUCUUC U GC CAGCU UG \ GGAAC UUC CG AAAGAAG G CG GUCGA AC G UACCACAUUACUGCUGUCUU^ C- C U C GU - U AAGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Bfl-Mir-22-o3e_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUUCUUCCUUGGCACAGCUCUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Bfl-Mir-22-o3e_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0020492 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UAGCUGGCUGGCGAAGAAAUGC -58
Get sequence
|
