MirGeneDB ID | Gmo-Mir-22-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-22 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-mir-22b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gmo-Mir-22-P1b1 Gmo-Mir-22-P1b2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-22-P1 Bfl-Mir-22-P1 Bko-Mir-22-P1 Bla-Mir-22-P1 Bpl-Mir-22-P1 Cmi-Mir-22-P1a Cte-Mir-22-P1 Dre-Mir-22-P1a Eba-Mir-22-P1 Egr-Mir-22-P1 Esc-Mir-22-P1 Gsa-Mir-22-P1 Hru-Mir-22-P1 Lan-Mir-22-P1 Lch-Mir-22-P1a Lgi-Mir-22-P1 Lhy-Mir-22-P1 Llo-Mir-22-P1 Loc-Mir-22-P1a Mal-Mir-22-P1a Mgi-Mir-22-P1 Mom-Mir-22-P1 Npo-Mir-22-P1 Obi-Mir-22-P1 Ofu-Mir-22-P1 Ovu-Mir-22-P1 Pau-Mir-22-P1 Pca-Mir-22-P1 Pcr-Mir-22-P1 Pdu-Mir-22-P1 Pfl-Mir-22-P1 Pve-Mir-22-P1 Rph-Mir-22-P1 Sma-Mir-22-P1 Sme-Mir-22-P1 Snu-Mir-22-P1 Sto-Mir-22-P1a Tni-Mir-22-P1a War-Mir-22-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
contig364380: 190-249 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCUGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUAGGGCCGUCCAGCCCGGUGCAUCACAGUCGUUCUUCACUAGCUAGCUUUACGCCGCGCUCACGCUAAAGCUGCCAGUUGAAGAGCUGUUGUGAGUAACCAUGACAACCGGCCACCCCCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUAGGGCCGUCCAGCCC-- GCA UC -| A U CGCCGC GGU UCACAG GUUCUUC ACU GC AGCUUUA G CCA AGUGUU CGAGAAG UGA CG UCGAAAU C CCCCCACCGGCCAACAGUA AUG GU U^ C - CGCACU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Gmo-Mir-22-P1a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0044037 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGUUCUUCACUAGCUAGCUUUA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Gmo-Mir-22-P1a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0044038 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- AAGCUGCCAGUUGAAGAGCUGU -60
Get sequence
|