MirGeneDB ID | Loc-Mir-22-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-22 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Loc-Mir-22-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-22-P1 Bfl-Mir-22-P1 Bko-Mir-22-P1 Bla-Mir-22-P1 Bpl-Mir-22-P1 Cmi-Mir-22-P1a Cte-Mir-22-P1 Dre-Mir-22-P1a Eba-Mir-22-P1 Egr-Mir-22-P1 Esc-Mir-22-P1 Gmo-Mir-22-P1a Gsa-Mir-22-P1 Hru-Mir-22-P1 Lan-Mir-22-P1 Lch-Mir-22-P1a Lgi-Mir-22-P1 Lhy-Mir-22-P1 Llo-Mir-22-P1 Mal-Mir-22-P1a Mgi-Mir-22-P1 Mom-Mir-22-P1 Npo-Mir-22-P1 Obi-Mir-22-P1 Ofu-Mir-22-P1 Ovu-Mir-22-P1 Pau-Mir-22-P1 Pca-Mir-22-P1 Pcr-Mir-22-P1 Pdu-Mir-22-P1 Pfl-Mir-22-P1 Pve-Mir-22-P1 Rph-Mir-22-P1 Sma-Mir-22-P1 Sme-Mir-22-P1 Snu-Mir-22-P1 Sto-Mir-22-P1a Tni-Mir-22-P1a War-Mir-22-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (LepOcu1) |
LG20: 5528215-5528274 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCUGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUUGUAUGUGAUGGAGAGUUACUCCACAGUCGUUCUUCACUGGCUAGCUUUAUUUUUCUGUCCAUGUAAAGCUGCCAGUUGAAGAGCUGUUGUGGGUGACCAUGACAACAGAACUGGUGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUUGUAUGUGAUGGAGA---| U UC - U UUUUUC GUUAC CCACAG GUUCUUCA CUGGC AGCUUUA U CAGUG GGUGUU CGAGAAGU GACCG UCGAAAU G CGUGGUCAAGACAACAGUAC^ - GU U - GUACCU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Loc-Mir-22-P1a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGUUCUUCACUGGCUAGCUUUA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Loc-Mir-22-P1a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- AAGCUGCCAGUUGAAGAGCUGU -60
Get sequence
|