| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-15-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-15c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-15-P1a Mdo-Mir-15-P1c-v1 Mdo-Mir-15-P1d Mdo-Mir-15-P2a Mdo-Mir-15-P2b Mdo-Mir-15-P2c-v1 Mdo-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-15-P1c Ami-Mir-15-P1c Bta-Mir-15-P1c Cfa-Mir-15-P1c Cin-Mir-15-P1 Cja-Mir-15-P1c Cli-Mir-15-P1c Cmi-Mir-15-P1c Cpi-Mir-15-P1c Cpo-Mir-15-P1c Dno-Mir-15-P1c Eca-Mir-15-P1c Ete-Mir-15-P1c Gga-Mir-15-P1c Gja-Mir-15-P1c Hsa-Mir-15-P1c Laf-Mir-15-P1c Lch-Mir-15-P1c Loc-Mir-15-P1c Loc-Mir-15-P1c-as Mml-Mir-15-P1c Mmr-Mir-15-P1c Mmu-Mir-15-P1c-v1 Mun-Mir-15-P1c Neu-Mir-15-P1c Oan-Mir-15-P1c Ocu-Mir-15-P1c Pab-Mir-15-P1c Pbv-Mir-15-P1c Rno-Mir-15-P1c3 Rno-Mir-15-P1c4 Sha-Mir-15-P1c Spt-Mir-15-P1c Tgu-Mir-15-P1c Xla-Mir-15-P1c1 Xla-Mir-15-P1c2 Xtr-Mir-15-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
X: 35734461-35734518 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1c-v2) |
Mir-15-P2c-v2
X: 35734296-35734358 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P2c-v1 X: 35734297-35734357 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c-v1 X: 35734461-35734518 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c-v2 X: 35734461-35734518 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mdo-Mir-15-P1c-v2 |
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| Seed | AACCAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCCCCUUCGCCGGACUCCUUUAGGAGAAAUAGCAGCACGCCAUGGUUUGUAGAGAUACGGUGAUACAAACCAUCGUGGGCUGUUACAUUUUCCUAAAGGGCACGCCGCCUAAAGUUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCCCCCUUCGCCGGACU- A-| A C AGAGAU CCUUUAGGAGAA UAGCAGC CGC AUGGUUUGU A GGAAAUCCUUUU AUUGUCG GUG UACCAAACA C GUUGAAAUCCGCCGCACG AC^ G C UAGUGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mdo-Mir-15-P1c-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0028768 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCAGCACGCCAUGGUUUGU -21
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-15c-5p |
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| Mature sequence | Mdo-Mir-15-P1c-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0028769 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AAACCAUCGUGGGCUGUUACA -58
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-15c-3p |
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| Variant | Mdo-Mir-15-P1c-v1 |
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| Seed | AAACCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCCCCUUCGCCGGACUCCUUUAGGAGAAAUAGCAGCACGCCAUGGUUUGUAGAGAUACGGUGAUACAAACCAUCGUGGGCUGUUACAUUUUCCUAAAGGGCACGCCGCCUAAAGUUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCCCCCUUCGCCGGACU- A-| A C GAGAU CCUUUAGGAGAA UAGCAGC CGC AUGGUUUGUA A GGAAAUCCUUUU AUUGUCG GUG UACCAAACAU C GUUGAAAUCCGCCGCACG AC^ G C AGUGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mdo-Mir-15-P1c-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0028768 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCAGCACGCCAUGGUUUGUA -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-15c-5p |
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| Mature sequence | Mdo-Mir-15-P1c-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0028769 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CAAACCAUCGUGGGCUGUUACA -58
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-15c-3p |
