| MirGeneDB ID | Cli-Mir-221-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-221 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cli-mir-222a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cli-Mir-221-P1c Cli-Mir-221-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-221-P1a Ami-Mir-221-P1a Bta-Mir-221-P1a Cfa-Mir-221-P1a Cja-Mir-221-P1a1 Cja-Mir-221-P1a2 Cmi-Mir-221-P1a Cpi-Mir-221-P1a Cpo-Mir-221-P1a Dno-Mir-221-P1a Dre-Mir-221-P1a1 Eca-Mir-221-P1a Ete-Mir-221-P1a Gga-Mir-221-P1a Gja-Mir-221-P1a Gmo-Mir-221-P1a1 Gmo-Mir-221-P1a2 Hsa-Mir-221-P1a Laf-Mir-221-P1a Lch-Mir-221-P1a Loc-Mir-221-P1a Mal-Mir-221-P1a1 Mal-Mir-221-P1a2 Mdo-Mir-221-P1a Mml-Mir-221-P1a Mmr-Mir-221-P1a Mmu-Mir-221-P1a Mun-Mir-221-P1a Neu-Mir-221-P1a Oan-Mir-221-P1a Ocu-Mir-221-P1a Pab-Mir-221-P1a Pbv-Mir-221-P1a Rno-Mir-221-P1a Sha-Mir-221-P1a Spt-Mir-221-P1a Sto-Mir-221-P1a Tgu-Mir-221-P1a Tni-Mir-221-P1a1 Xla-Mir-221-P1a3 Xla-Mir-221-P1a4 Xtr-Mir-221-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (colLiv2) |
scaffold68: 1295199-1295261 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-221-P1a) |
Mir-221-P1a
scaffold68: 1295199-1295261 [+]
Mir-221-P2a scaffold68: 1295720-1295782 [+] |
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| Seed | GCUACAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAACAUGGAACCUGUAGUUGCUCAUCAAUCGCUCAGUAGUCAGUGUAGAUCCUGUCUUUACAAUCAGCAGCUACAUCUGGCUACUGGGUCUCUGAUGACAACUCGUAUCUUCUAUCUAGACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCAACAUGGAACCUGUA---| C AUC - AUCCUGUCUU GUUG UCAUCA GCUCAGUAGUCAG UGUAG U CAAC AGUAGU UGGGUCAUCGGUC ACAUC A UCAGAUCUAUCUUCUAUGCU^ - CUC U GACGACUAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cli-Mir-221-P1a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGCUCAGUAGUCAGUGUAGAUCC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cli-Mir-221-P1a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038607 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AGCUACAUCUGGCUACUGGGUCUC -63
Get sequence
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