| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-221-P1a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-221 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-222-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-221-P1a2 Gmo-Mir-221-P2a1 Gmo-Mir-221-P2a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-221-P1a Ami-Mir-221-P1a Bta-Mir-221-P1a Cfa-Mir-221-P1a Cja-Mir-221-P1a1 Cli-Mir-221-P1a Cmi-Mir-221-P1a Cpi-Mir-221-P1a Cpo-Mir-221-P1a Dno-Mir-221-P1a Dre-Mir-221-P1a1 Eca-Mir-221-P1a Ete-Mir-221-P1a Gga-Mir-221-P1a Gja-Mir-221-P1a Hsa-Mir-221-P1a Laf-Mir-221-P1a Lch-Mir-221-P1a Loc-Mir-221-P1a Mal-Mir-221-P1a1 Mdo-Mir-221-P1a Mml-Mir-221-P1a Mmr-Mir-221-P1a Mmu-Mir-221-P1a Mun-Mir-221-P1a Neu-Mir-221-P1a Oan-Mir-221-P1a Ocu-Mir-221-P1a Pab-Mir-221-P1a Pbv-Mir-221-P1a Rno-Mir-221-P1a Sha-Mir-221-P1a Spt-Mir-221-P1a Sto-Mir-221-P1a Tgu-Mir-221-P1a Tni-Mir-221-P1a1 Xtr-Mir-221-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
contig337589: 317-378 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-221-P1a1) |
Mir-221-P1a1
contig337589: 317-378 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-221-P2a1 contig337589: 767-830 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GCUACAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGUGUCCCGCUGCCUCUCGGCGCUGUCAGUUGCUCAGUAGGCAGUGUAGAUCCUGUUUAGCAAUCAGCAGCUACAUCUGGCUACUGGGUCUCUGAAGGCGCUGCCCACUUCCUGGGGAGCAUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CGUGUCCCGCUGCCUCU-- G UU G -| AUC GUUUA CGGCGCU UCAG GCUCAGUAG CAG UGUAG CU \ GUCGCGG AGUC UGGGUCAUC GUC ACAUC GA G UACGAGGGGUCCUUCACCC A UC G U^ GAC CUAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Gmo-Mir-221-P1a1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0044030 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCUCAGUAGGCAGUGUAGAUCCU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Gmo-Mir-221-P1a1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0044031 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AGCUACAUCUGGCUACUGGGUCUC -62
Get sequence
|
