| MirGeneDB ID | Ami-Mir-221-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-221 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-222a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-221-P1c Ami-Mir-221-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-221-P1a Bta-Mir-221-P1a Cfa-Mir-221-P1a Cja-Mir-221-P1a1 Cja-Mir-221-P1a2 Cli-Mir-221-P1a Cmi-Mir-221-P1a Cpi-Mir-221-P1a Cpo-Mir-221-P1a Dno-Mir-221-P1a Dre-Mir-221-P1a1 Eca-Mir-221-P1a Ete-Mir-221-P1a Gga-Mir-221-P1a Gja-Mir-221-P1a Gmo-Mir-221-P1a1 Gmo-Mir-221-P1a2 Hsa-Mir-221-P1a Laf-Mir-221-P1a Lch-Mir-221-P1a Loc-Mir-221-P1a Mal-Mir-221-P1a1 Mal-Mir-221-P1a2 Mdo-Mir-221-P1a Mml-Mir-221-P1a Mmr-Mir-221-P1a Mmu-Mir-221-P1a Mun-Mir-221-P1a Neu-Mir-221-P1a Oan-Mir-221-P1a Ocu-Mir-221-P1a Pab-Mir-221-P1a Pbv-Mir-221-P1a Rno-Mir-221-P1a Sha-Mir-221-P1a Spt-Mir-221-P1a Sto-Mir-221-P1a Tgu-Mir-221-P1a Tni-Mir-221-P1a1 Xla-Mir-221-P1a3 Xla-Mir-221-P1a4 Xtr-Mir-221-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017709793.1: 2575748-2575810 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-221-P1a) |
Mir-221-P1a
NW_017709793.1: 2575748-2575810 [+]
UCSC
Mir-221-P2a NW_017709793.1: 2576314-2576376 [+] UCSC |
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| Seed | GCUACAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCAACUCAGAACUCAUAGUUGCCCAUCAAUCGCUCAGUAGUCAGUGUAGAUUCUGUUUUUACAAUCAGCAGCUACAUCUGGCUACUGGGUCUCUGAUGACAUCUUGUAGCUUCCACAUGGUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCAACUCAGAACUCAUAGUUGCC-- AUC -| AUUCUGUUUU CAUCA GCUCAGUAGUCAG UGUAG U GUAGU UGGGUCAUCGGUC ACAUC A UUUGGUACACCUUCGAUGUUCUACA CUC U^ GACGACUAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-221-P1a_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0038254 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGCUCAGUAGUCAGUGUAGAUUC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ami-Mir-221-P1a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038255 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AGCUACAUCUGGCUACUGGGUCUC -63
Get sequence
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