| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-10-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-10c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-10-P1b-v1 Xtr-Mir-10-P1c-v1 Xtr-Mir-10-P2b Xtr-Mir-10-P2c Xtr-Mir-10-P3b Xtr-Mir-10-P3c Xtr-Mir-10-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-10-P1-v1 Aca-Mir-10-P1d-v1 Adi-Mir-10 Aga-Mir-10-P1-v1 Agr-Mir-10-P1 Ami-Mir-10-P1d-v1 Asp-Mir-10 Asu-Mir-10-P1 Bfl-Mir-10-P1-v1 Bge-Mir-10-P1-v1 Bla-Mir-10-P1-v1 Cbr-Mir-10-P1 Cel-Mir-10-P1 Cli-Mir-10-P1d-v1 Cmi-Mir-10-P1d-v1 Cpi-Mir-10-P1d-v1 Cte-Mir-10-P1 Dan-Mir-10-P1 Dgr-Mir-10-P1 Dlo-Mir-10-P1-v1 Dma-Mir-10-P1-v1 Dme-Mir-10-P1 Dmo-Mir-10-P1 Dpu-Mir-10-P1-v1 Dre-Mir-10-P1d1-v1 Dsi-Mir-10-P1 Dya-Mir-10-P1 Eba-Mir-10-P1 Efe-Mir-10-P1 Egr-Mir-10-P1 Gga-Mir-10-P1d-v1 Gja-Mir-10-P1d-v1 Gmo-Mir-10-P1d1-v1 Gpa-Mir-10-P1 Gsp-Mir-10-P1 Hme-Mir-10-P1-v1 Hru-Mir-10-P1 Isc-Mir-10-P1-v1 Lch-Mir-10-P1d Lgi-Mir-10-P1 Lhy-Mir-10-P1 Llo-Mir-10-P1 Loc-Mir-10-P1d-v1 Mal-Mir-10-P1d1-v1 Mgi-Mir-10-P1 Mom-Mir-10-P1 Mun-Mir-10-P1d-v1 Npo-Mir-10-P1 Nve-Mir-10 Ofu-Mir-10-P1 Pau-Mir-10-P1 Pbv-Mir-10-P1d-v1 Pca-Mir-10-P1 Pdu-Mir-10-P1 Pfl-Mir-10-P1 Pmi-Mir-10-P1 Pve-Mir-10-P1 Rph-Mir-10-P1 Sko-Mir-10-P1 Sma-Mir-10-P1 Snu-Mir-10-P1 Spu-Mir-10-P1 Tca-Mir-10-P1-v1 Tni-Mir-10-P1d1-v1 War-Mir-10-P1 Xbo-Mir-10-P1 Xla-Mir-10-P1d3-v1 Xla-Mir-10-P1d4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr2: 142821736-142821794 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-10-P1d-v1) |
Mir-10-P1d-v1
chr2: 142821736-142821794 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-10-P1d-v2 chr2: 142821737-142821793 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Xtr-Mir-10-P1d-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACCCUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUCUUGCGAUAUCAAAGAGGCGCUUAUAUGCACCCUGUAGAAUCGAAUUUGUGUGAGUUCUGAACCACAGAUUCGUCUCUAGGGGGGUAUAUGGGUGAUGCUACAGACUUCUCUCUAGGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GUCUUGCGAUAUCAAAGAGG--| A G AU UGAGU CGCUUAUAUGC CCCU UAGA CGAAUUUGUG U GUGGGUAUAUG GGGG AUCU GCUUAGACAC C GGAUCUCUCUUCAGACAUCGUA^ - G CU CAAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xtr-Mir-10-P1d-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0003559 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CACCCUGUAGAAUCGAAUUUGUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-10c |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Xtr-Mir-10-P1d-v1_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAGAUUCGUCUCUAGGGGGGUA -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Xtr-Mir-10-P1d-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCCUGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUUGCGAUAUCAAAGAGGCGCUUAUAUGCACCCUGUAGAAUCGAAUUUGUGUGAGUUCUGAACCACAGAUUCGUCUCUAGGGGGGUAUAUGGGUGAUGCUACAGACUUCUCUCUAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UCUUGCGAUAUCAAAGAGG--| A G AU UGAGU CGCUUAUAUGC CCCU UAGA CGAAUUUGUG U GUGGGUAUAUG GGGG AUCU GCUUAGACAC C GAUCUCUCUUCAGACAUCGUA^ - G CU CAAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xtr-Mir-10-P1d-v2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0003559 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCCUGUAGAAUCGAAUUUGUGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-10c |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Xtr-Mir-10-P1d-v2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- ACAGAUUCGUCUCUAGGGGGGU -57
Get sequence
|
