| MirGeneDB ID | Tni-Mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-489 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tni-mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-489-v1 Ami-Mir-489-v1 Bta-Mir-489-v1 Cfa-Mir-489 Cja-Mir-489 Cli-Mir-489-v1 Cpi-Mir-489-v1 Dno-Mir-489 Dre-Mir-489-v1 Eca-Mir-489 Gga-Mir-489-v1 Gja-Mir-489 Gmo-Mir-489-v1 Hsa-Mir-489-v1 Laf-Mir-489 Lch-Mir-489 Loc-Mir-489-v1 Mal-Mir-489-v1 Mml-Mir-489-v1 Mmr-Mir-489 Mmu-Mir-489 Mun-Mir-489 Ocu-Mir-489 Pab-Mir-489 Pbv-Mir-489 Rno-Mir-489 Sha-Mir-489 Spt-Mir-489 Tgu-Mir-489-v1 Xtr-Mir-489-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
21_random: 1370454-1370512 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-489-v1) |
Mir-489-v2
21_random: 1370453-1370513 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-489-v1 21_random: 1370454-1370512 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Tni-Mir-489-v1 |
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| Seed | UGACAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCAUCCUCCCAUACUGGUGGUGGCCUGGUGGUCGUAUGCAUGACGUCAUUUACUUCGAUGAUUGGAGUGACAUCAUAUGUACGGCUGCUAAACCGCUACAAGAGACUUCUGCAGUGCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCCAUCCUCCCAUACUG--| CC UG GC C ACUUCG GUGGUGG UGG GUCGUAU AUGA GUCAUUU \ CAUCGCC AUC CGGCAUG UACU CAGUGAG A UCGUGACGUCUUCAGAGAA^ AA GU UA A GUUAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tni-Mir-489-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUCGUAUGCAUGACGUCAUUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Tni-Mir-489-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0002939 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GUGACAUCAUAUGUACGGCUGC -59
Get sequence
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| Variant | Tni-Mir-489-v2 |
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| Seed | GACAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCCAUCCUCCCAUACUGGUGGUGGCCUGGUGGUCGUAUGCAUGACGUCAUUUACUUCGAUGAUUGGAGUGACAUCAUAUGUACGGCUGCUAAACCGCUACAAGAGACUUCUGCAGUGCUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCCCAUCCUCCCAUACUG--| CC UG GC C UACUUCG GUGGUGG UGG GUCGUAU AUGA GUCAUU \ CAUCGCC AUC CGGCAUG UACU CAGUGA A UUCGUGACGUCUUCAGAGAA^ AA GU UA A GGUUAGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tni-Mir-489-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGUCGUAUGCAUGACGUCAUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Tni-Mir-489-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0002939 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGACAUCAUAUGUACGGCUGCU -61
Get sequence
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