MirGeneDB ID | Sha-Mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-489 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-489-v1 Ami-Mir-489-v1 Bta-Mir-489-v1 Cfa-Mir-489 Cja-Mir-489 Cli-Mir-489-v1 Cpi-Mir-489-v1 Dno-Mir-489 Dre-Mir-489-v1 Eca-Mir-489 Gga-Mir-489-v1 Gja-Mir-489 Gmo-Mir-489-v1 Hsa-Mir-489-v1 Laf-Mir-489 Lch-Mir-489 Loc-Mir-489-v1 Mal-Mir-489-v1 Mml-Mir-489-v1 Mmr-Mir-489 Mmu-Mir-489 Mun-Mir-489 Ocu-Mir-489 Pab-Mir-489 Pbv-Mir-489 Rno-Mir-489 Spt-Mir-489 Tgu-Mir-489-v1 Tni-Mir-489-v1 Xla-Mir-489-P1-v1 Xla-Mir-489-P2-v1 Xtr-Mir-489-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (DEVIL_add) |
1: 137-196 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGACAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCUGCACGGCAGCCAGGCAGUGGCUUGGCGGUCAUAGGCGUGAUAUCAUUGGCUGGAGCUCUGGGGAAUGACAUCAUGCGUAUGGCUGCUAAACUGCCACAUGGGACACUGCAGAGGGGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CCCUGCACGGCAGCCAGGCA ---| G A GGCUGGA GUGGC UUGGCGGUCAUA GCGUGAU UCAUU G CACCG AAUCGUCGGUAU CGUACUA AGUAA C GGGGAGACGUCACAGGGUA- UCA^ G C GGGGUCU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Sha-Mir-489_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGUCAUAGGCGUGAUAUCAUUG -22
Get sequence
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Mature sequence | Sha-Mir-489_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- AUGACAUCAUGCGUAUGGCUGC -60
Get sequence
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