| MirGeneDB ID | Tgu-Mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-489 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tgu-mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-489-v1 Ami-Mir-489-v1 Bta-Mir-489-v1 Cfa-Mir-489 Cja-Mir-489 Cli-Mir-489-v1 Cpi-Mir-489-v1 Dno-Mir-489 Dre-Mir-489-v1 Eca-Mir-489 Gga-Mir-489-v1 Gja-Mir-489 Gmo-Mir-489-v1 Hsa-Mir-489-v1 Laf-Mir-489 Lch-Mir-489 Loc-Mir-489-v1 Mal-Mir-489-v1 Mml-Mir-489-v1 Mmr-Mir-489 Mmu-Mir-489 Mun-Mir-489 Ocu-Mir-489 Pab-Mir-489 Pbv-Mir-489 Rno-Mir-489 Sha-Mir-489 Spt-Mir-489 Tni-Mir-489-v1 Xtr-Mir-489-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (TaeGut1_add) |
2: 24306046-24306105 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-489-v1) |
Mir-489-v2
2: 24306045-24306106 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-489-v1 2: 24306046-24306105 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Tgu-Mir-489-v1 |
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| Seed | UGACAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUCAGUCAUUUGUCACGUGGUGGCUUGGUGGUCGUAUGUAUGACGUCAUUUACUUGGACUUUUAGGAGUGACAUCAUAUGUACGGCUGCUAAACUGCUGCAUGGGACAUCACUUAAACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGUCAGUCAUUUGUCAC--|UG UG C UG C ACUUGG G G G UUGG GUCGUAUGUAUGA GUCAUUU A C C C AAUC CGGCAUGUAUACU CAGUGAG C UCAAAUUCACUACAGGGUA^GU GU A GU A GAUUUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tgu-Mir-489-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0027024 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUCGUAUGUAUGACGUCAUUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Tgu-Mir-489-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0014618 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGACAUCAUAUGUACGGCUGC -60
Get sequence
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| Variant | Tgu-Mir-489-v2 |
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| Seed | GACAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGUCAGUCAUUUGUCACGUGGUGGCUUGGUGGUCGUAUGUAUGACGUCAUUUACUUGGACUUUUAGGAGUGACAUCAUAUGUACGGCUGCUAAACUGCUGCAUGGGACAUCACUUAAACUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUGUCAGUCAUUUGUCAC--|UG UG C UG C UACUUGG G G G UUGG GUCGUAUGUAUGA GUCAUU A C C C AAUC CGGCAUGUAUACU CAGUGA C GUCAAAUUCACUACAGGGUA^GU GU A GU A GGAUUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tgu-Mir-489-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0027024 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGUCGUAUGUAUGACGUCAUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Tgu-Mir-489-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0014618 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UGACAUCAUAUGUACGGCUGCU -62
Get sequence
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