| MirGeneDB ID | Ami-Mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-489 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-489-v1 Bta-Mir-489-v1 Cfa-Mir-489 Cja-Mir-489 Cli-Mir-489-v1 Cpi-Mir-489-v1 Dno-Mir-489 Dre-Mir-489-v1 Eca-Mir-489 Gga-Mir-489-v1 Gja-Mir-489 Gmo-Mir-489-v1 Hsa-Mir-489-v1 Laf-Mir-489 Lch-Mir-489 Loc-Mir-489-v1 Mal-Mir-489-v1 Mml-Mir-489-v1 Mmr-Mir-489 Mmu-Mir-489 Mun-Mir-489 Ocu-Mir-489 Pab-Mir-489 Pbv-Mir-489 Rno-Mir-489 Sha-Mir-489 Spt-Mir-489 Tgu-Mir-489-v1 Tni-Mir-489-v1 Xtr-Mir-489-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017712875.1: 7248485-7248544 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-489-v1) |
Mir-489-v2
NW_017712875.1: 7248484-7248545 [-]
UCSC
Mir-489-v1 NW_017712875.1: 7248485-7248544 [-] UCSC |
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| Variant | Ami-Mir-489-v1 |
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| Seed | UGACAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAACAGCUUUUUAUUGCGUGGUGGCUUGGUGGUCGUAUGUAUGACGUCAUUUACUUGGACUUUUAGGAGUGACAUCAUAUGUACGGCUGCUAAACUGCUGCAUGGGACAUCAUUUAAGCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UAACAGCUUUUUAUUGC--|UG UG C UG C ACUUGG G G G UUGG GUCGUAUGUAUGA GUCAUUU A C C C AAUC CGGCAUGUAUACU CAGUGAG C ACGAAUUUACUACAGGGUA^GU GU A GU A GAUUUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-489-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038295 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUCGUAUGUAUGACGUCAUUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ami-Mir-489-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGACAUCAUAUGUACGGCUGC -60
Get sequence
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| Variant | Ami-Mir-489-v2 |
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| Seed | GACAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAACAGCUUUUUAUUGCGUGGUGGCUUGGUGGUCGUAUGUAUGACGUCAUUUACUUGGACUUUUAGGAGUGACAUCAUAUGUACGGCUGCUAAACUGCUGCAUGGGACAUCAUUUAAGCAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUAACAGCUUUUUAUUGC--|UG UG C UG C UACUUGG G G G UUGG GUCGUAUGUAUGA GUCAUU A C C C AAUC CGGCAUGUAUACU CAGUGA C GACGAAUUUACUACAGGGUA^GU GU A GU A GGAUUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-489-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038295 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGUCGUAUGUAUGACGUCAUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ami-Mir-489-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UGACAUCAUAUGUACGGCUGCU -62
Get sequence
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