| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-489 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-489-v1 Ami-Mir-489-v1 Bta-Mir-489-v1 Cfa-Mir-489 Cja-Mir-489 Cli-Mir-489-v1 Cpi-Mir-489-v1 Dno-Mir-489 Dre-Mir-489-v1 Eca-Mir-489 Gga-Mir-489-v1 Gja-Mir-489 Hsa-Mir-489-v1 Laf-Mir-489 Lch-Mir-489 Loc-Mir-489-v1 Mal-Mir-489-v1 Mml-Mir-489-v1 Mmr-Mir-489 Mmu-Mir-489 Mun-Mir-489 Ocu-Mir-489 Pab-Mir-489 Pbv-Mir-489 Rno-Mir-489 Sha-Mir-489 Spt-Mir-489 Tgu-Mir-489-v1 Tni-Mir-489-v1 Xtr-Mir-489-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
contig308539: 565-623 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-489-v1) |
Mir-489-v2
contig308539: 564-624 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-489-v1 contig308539: 565-623 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Gmo-Mir-489-v1 |
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| Seed | UGACAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACAGCCGUUGACAUUGGUGGUGGCCUGGUGGUCGUAUGUGUGACGUCAUUUAGUUCAGUGGUGGGAGUGACAUCAUAUGUACGGCUGCUAAACUGCUACAUGUGACAUCAGCGUUCUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CACAGCCGUUGACAUUG--| UG CC UG C AGUUCA GUGG G UGG GUCGUAUGUGUGA GUCAUUU \ CAUC C AUC CGGCAUGUAUACU CAGUGAG G GUCUUGCGACUACAGUGUA^ GU AA GU A GGUGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-489-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUCGUAUGUGUGACGUCAUUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-489-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044024 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GUGACAUCAUAUGUACGGCUGC -59
Get sequence
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| Variant | Gmo-Mir-489-v2 |
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| Seed | GACAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCACAGCCGUUGACAUUGGUGGUGGCCUGGUGGUCGUAUGUGUGACGUCAUUUAGUUCAGUGGUGGGAGUGACAUCAUAUGUACGGCUGCUAAACUGCUACAUGUGACAUCAGCGUUCUGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCACAGCCGUUGACAUUG--| UG CC UG C UAGUUCA GUGG G UGG GUCGUAUGUGUGA GUCAUU \ CAUC C AUC CGGCAUGUAUACU CAGUGA G AGUCUUGCGACUACAGUGUA^ GU AA GU A GGGUGGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-489-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGUCGUAUGUGUGACGUCAUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-489-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044024 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGACAUCAUAUGUACGGCUGCU -61
Get sequence
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