| MirGeneDB ID | Xla-Mir-489-P2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-489 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-489-P1-v1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cfa-Mir-489 Cja-Mir-489 Dno-Mir-489 Eca-Mir-489 Gja-Mir-489 Laf-Mir-489 Lch-Mir-489 Mmr-Mir-489 Mmu-Mir-489 Mun-Mir-489 Ocu-Mir-489 Pab-Mir-489 Pbv-Mir-489 Rno-Mir-489 Sha-Mir-489 Spt-Mir-489 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030735.1: 24837837-24837895 [-] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-489-P2-v1) |
Mir-489-P2-v2
NC_030735.1: 24837836-24837896 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-489-P2-v1 NC_030735.1: 24837837-24837895 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Xla-Mir-489-P2-v1 |
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| Seed | UGACAUC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGCCGAGACAAUUAUCGCGGUGGCUUAGUGGUCGUAUGUAUGACGUCAUUUACUGGAUUUUUAGGAGUGACAUCAUAUGUACGGCUGCUAAACUGCUGCAUGACACGUCUGUCAUGGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCGCCGAGACAAUUAUC--| UG C UG C ACUGGA GCGG G UUAG GUCGUAUGUAUGA GUCAUUU \ CGUC C AAUC CGGCAUGUAUACU CAGUGAG U AGGUACUGUCUGCACAGUA^ GU A GU A GAUUUU 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-489-P2-v1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUCGUAUGUAUGACGUCAUUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-489-P2-v1_3p |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GUGACAUCAUAUGUACGGCUGC -59
Get sequence
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| Variant | Xla-Mir-489-P2-v2 |
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| Seed | GACAUCA | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCGCCGAGACAAUUAUCGCGGUGGCUUAGUGGUCGUAUGUAUGACGUCAUUUACUGGAUUUUUAGGAGUGACAUCAUAUGUACGGCUGCUAAACUGCUGCAUGACACGUCUGUCAUGGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGCGCCGAGACAAUUAUC--| UG C UG C UACUGGA GCGG G UUAG GUCGUAUGUAUGA GUCAUU \ CGUC C AAUC CGGCAUGUAUACU CAGUGA U AAGGUACUGUCUGCACAGUA^ GU A GU A GGAUUUU . 110 100 90 80 70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-489-P2-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGUCGUAUGUAUGACGUCAUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-489-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGACAUCAUAUGUACGGCUGCU -61
Get sequence
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