| MirGeneDB ID | Xla-Mir-489-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-489 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-489-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cfa-Mir-489 Cja-Mir-489 Dno-Mir-489 Eca-Mir-489 Gja-Mir-489 Laf-Mir-489 Lch-Mir-489 Mmr-Mir-489 Mmu-Mir-489 Mun-Mir-489 Ocu-Mir-489 Pab-Mir-489 Pbv-Mir-489 Rno-Mir-489 Sha-Mir-489 Spt-Mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030734.1: 29791980-29792039 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-489-P1-v1) |
Mir-489-P1-v2
NC_030734.1: 29791979-29792040 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-489-P1-v1 NC_030734.1: 29791980-29792039 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Xla-Mir-489-P1-v1 |
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| Seed | UGACAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGCCGAGACAAUAAUCGUGGUGGCUUAGUGGUCGUAUGUAUGACGUCAUUUGCUUGAUUAUUUAGGAGUGACAUCAUAUGUACGGCUGCUAAACUGCUGCAUGAUACGUCUGUCAUGGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCGCCGAGACAAUAAUC--|UG UG C UG C GCUUGA G G G UUAG GUCGUAUGUAUGA GUCAUUU U C C C AAUC CGGCAUGUAUACU CAGUGAG U AGGUACUGUCUGCAUAGUA^GU GU A GU A GAUUUA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-489-P1-v1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUCGUAUGUAUGACGUCAUUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-489-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGACAUCAUAUGUACGGCUGC -60
Get sequence
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| Variant | Xla-Mir-489-P1-v2 |
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| Seed | GACAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCGCCGAGACAAUAAUCGUGGUGGCUUAGUGGUCGUAUGUAUGACGUCAUUUGCUUGAUUAUUUAGGAGUGACAUCAUAUGUACGGCUGCUAAACUGCUGCAUGAUACGUCUGUCAUGGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCGCCGAGACAAUAAUC--|UG UG C UG C UGCUUGA G G G UUAG GUCGUAUGUAUGA GUCAUU U C C C AAUC CGGCAUGUAUACU CAGUGA U AAGGUACUGUCUGCAUAGUA^GU GU A GU A GGAUUUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-489-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGUCGUAUGUAUGACGUCAUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-489-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UGACAUCAUAUGUACGGCUGCU -62
Get sequence
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