| MirGeneDB ID | Tni-Mir-124-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-124 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tni-mir-124-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-124-P1b-v1 Tni-Mir-124-P2a-v1 Tni-Mir-124-P2b-v1 Tni-Mir-124-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-124 Aca-Mir-124-P4-v1 Aga-Mir-124 Agr-Mir-124 Ami-Mir-124-P4-v1 Asu-Mir-124 Bfl-Mir-124 Bge-Mir-124 Bko-Mir-124 Bla-Mir-124 Bpl-Mir-124 Cel-Mir-124 Cmi-Mir-124-P4 Cpi-Mir-124-P4-v1 Cte-Mir-124 Dan-Mir-124 Dlo-Mir-124 Dma-Mir-124 Dme-Mir-124 Dmo-Mir-124 Dpu-Mir-124 Dre-Mir-124-P4-v1 Dsi-Mir-124 Dya-Mir-124 Eba-Mir-124 Esc-Mir-124 Gga-Mir-124-P4-v1 Gja-Mir-124-P4-v1 Gmo-Mir-124-P4-v1 Gpa-Mir-124 Gsp-Mir-124 Hme-Mir-124 Hru-Mir-124 Isc-Mir-124 Lan-Mir-124 Lch-Mir-124-P4 Lhy-Mir-124 Llo-Mir-124 Loc-Mir-124-P4-v1 Mal-Mir-124-P4-v1 Mgi-Mir-124 Mom-Mir-124 Mun-Mir-124-P4-v1 Npo-Mir-124 Oan-Mir-124-P4-v1 Obi-Mir-124 Ofu-Mir-124 Ovu-Mir-124 Pau-Mir-124 Pbv-Mir-124-P4a Pbv-Mir-124-P4b-v1 Pcr-Mir-124-o4 Pdu-Mir-124 Pfl-Mir-124 Pmi-Mir-124 Pve-Mir-124 Sko-Mir-124 Sma-Mir-124 Sne-Mir-124 Snu-Mir-124 Spt-Mir-124-P4 Spu-Mir-124 Sro-Mir-124 Sto-Mir-124-P4-v1 Tca-Mir-124 War-Mir-124 Xbo-Mir-124 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
10: 7519420-7519478 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-124-P4-v2) |
Mir-124-P4-v1
10: 7519420-7519479 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-124-P4-v2 10: 7519420-7519478 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Tni-Mir-124-P4-v2 |
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| Seed | UAAGGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAUUUAGUGAGUUUUGGGUUUGAGCUCUUUGUGUUCACAGUGGACCUUGAUUUAAUUUCAAUACAAUUAAGGCACGCGGUGAAUGCCAAGAGAGAAGCCACAGUCUUCGCUUCCCUCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACAUUUAGUGAGUUUUG--| GAG U A GA UAAUU GGUUU CUCUU GUGUUCAC GUG CCUUGAUU U CCGAA GAGAA CGUAAGUG CGC GGAAUUAA C GCUCCCUUCGCUUCUGACA^ GA- C G AC CAUAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tni-Mir-124-P4-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUGUUCACAGUGGACCUUGAUU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tni-Mir-124-P4-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0002897 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA -59
Get sequence
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| Variant | Tni-Mir-124-P4-v1 |
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| Seed | AAGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAUUUAGUGAGUUUUGGGUUUGAGCUCUUUGUGUUCACAGUGGACCUUGAUUUAAUUUCAAUACAAUUAAGGCACGCGGUGAAUGCCAAGAGAGAAGCCACAGUCUUCGCUUCCCUCGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACAUUUAGUGAGUUUUG---| GAG U A GA UUAAUU GGUUU CUCUU GUGUUCAC GUG CCUUGAU U CCGAA GAGAA CGUAAGUG CGC GGAAUUA C GGCUCCCUUCGCUUCUGACA^ GA- C G AC ACAUAA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tni-Mir-124-P4-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUGUUCACAGUGGACCUUGAU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Tni-Mir-124-P4-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0002897 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAAGGCACGCGGUGAAUGCCAA -60
Get sequence
|
