| MirGeneDB ID | Tni-Mir-124-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-124 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tni-mir-124-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-124-P1b-v1 Tni-Mir-124-P2b-v1 Tni-Mir-124-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-124 Aca-Mir-124-P2-v1 Aga-Mir-124 Agr-Mir-124 Ami-Mir-124-P2-v1 Asu-Mir-124 Bfl-Mir-124 Bge-Mir-124 Bko-Mir-124 Bla-Mir-124 Bpl-Mir-124 Bta-Mir-124-P2-v1 Cel-Mir-124 Cfa-Mir-124-P2-v1 Cja-Mir-124-P2-v1 Cmi-Mir-124-P2-v1 Cpi-Mir-124-P2-v1 Cpo-Mir-124-P2-v1 Cte-Mir-124 Dan-Mir-124 Dlo-Mir-124 Dma-Mir-124 Dme-Mir-124 Dmo-Mir-124 Dno-Mir-124-P2-v1 Dpu-Mir-124 Dre-Mir-124-P2a-v1 Dsi-Mir-124 Dya-Mir-124 Eba-Mir-124 Eca-Mir-124-P2-v1 Esc-Mir-124 Ete-Mir-124-P2-v1 Gga-Mir-124-P2-v1 Gja-Mir-124-P2-v1 Gpa-Mir-124 Gsp-Mir-124 Hme-Mir-124 Hru-Mir-124 Hsa-Mir-124-P2-v1 Isc-Mir-124 Laf-Mir-124-P2-v1 Lan-Mir-124 Lch-Mir-124-P2 Lhy-Mir-124 Llo-Mir-124 Loc-Mir-124-P2-v1 Mal-Mir-124-P2a-v1 Mdo-Mir-124-P2-v1 Mgi-Mir-124 Mml-Mir-124-P2-v1 Mmr-Mir-124-P2-v1 Mmu-Mir-124-P2-v1 Mom-Mir-124 Mun-Mir-124-P2-v1 Neu-Mir-124-P2-v1 Npo-Mir-124 Obi-Mir-124 Ocu-Mir-124-P2-v1 Ofu-Mir-124 Ovu-Mir-124 Pab-Mir-124-P2-v1 Pau-Mir-124 Pbv-Mir-124-P2-v1 Pdu-Mir-124 Pfl-Mir-124 Pma-Mir-124-o2 Pmi-Mir-124 Pve-Mir-124 Rno-Mir-124-P2-v1 Sha-Mir-124-P2-v1 Sko-Mir-124 Sma-Mir-124 Sne-Mir-124 Snu-Mir-124 Spt-Mir-124-P2 Spu-Mir-124 Sro-Mir-124 Sto-Mir-124-P2-v1 Tca-Mir-124 Tgu-Mir-124-P2-v1 War-Mir-124 Xbo-Mir-124 Xtr-Mir-124-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
14: 9544670-9544730 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-124-P2a-v1) |
Mir-124-P2a-v1
14: 9544670-9544730 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-124-P2b-v1 14: 9544670-9544730 [-] UCSC Ensembl Mir-124-P2a-v2 14: 9544671-9544730 [-] UCSC Ensembl Mir-124-P2b-v2 14: 9544671-9544730 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Tni-Mir-124-P2a-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAACCAGGUGACGCCAGCUGGCCUCUCCUCGUGUUCACAGCGGACCUUGAUUUAAAUGUCCAUACAAUUAAGGCACGCGGUGAAUGCCAAGAGAGCAGCUGAAGGACAGCGUGUCCCGGAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGAACCAGGUGACGCCA----| GC CUC A GA UUAAAUG GCUG CUCUC GUGUUCAC GCG CCUUGAU \ CGAC GAGAG CGUAAGUG CGC GGAAUUA U AGGCCCUGUGCGACAGGAAGU^ -- AAC G AC ACAUACC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | This gene is on chromosome 14. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tni-Mir-124-P2a-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUGUUCACAGCGGACCUUGAU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tni-Mir-124-P2a-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0002897 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAAGGCACGCGGUGAAUGCCAA -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Tni-Mir-124-P2a-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAAGGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAACCAGGUGACGCCAGCUGGCCUCUCCUCGUGUUCACAGCGGACCUUGAUUUAAAUGUCCAUACAAUUAAGGCACGCGGUGAAUGCCAAGAGAGCAGCUGAAGGACAGCGUGUCCCGGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGAACCAGGUGACGCCA---| GC CUC A GA UAAAUG GCUG CUCUC GUGUUCAC GCG CCUUGAUU \ CGAC GAGAG CGUAAGUG CGC GGAAUUAA U GGCCCUGUGCGACAGGAAGU^ -- AAC G AC CAUACC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | This gene is on chromosome 14. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tni-Mir-124-P2a-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUGUUCACAGCGGACCUUGAUU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tni-Mir-124-P2a-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0002897 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA -60
Get sequence
|
