| MirGeneDB ID | Loc-Mir-29-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-29 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Loc-Mir-29-P1b-v1 Loc-Mir-29-P1d Loc-Mir-29-P2a Loc-Mir-29-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-29-P2d Agr-Mir-29-P2 Ami-Mir-29-P2d Asu-Mir-29-P2 Bfl-Mir-29-P2 Bla-Mir-29-P2 Bta-Mir-29-P2d7 Bta-Mir-29-P2d8 Cbr-Mir-29-P2 Cel-Mir-29-P2 Cfa-Mir-29-P2d7 Cfa-Mir-29-P2d8 Cja-Mir-29-P2d Cli-Mir-29-P2d Cmi-Mir-29-P2d Cpi-Mir-29-P2d Cpo-Mir-29-P2d Cte-Mir-29-P2 Dgr-Mir-29-P2 Dma-Mir-29-P2 Dno-Mir-29-P2d Dpu-Mir-29-P2 Dre-Mir-29-P2d2 Eba-Mir-29-P2 Eca-Mir-29-P2d7 Eca-Mir-29-P2d8 Esc-Mir-29-P2 Ete-Mir-29-P2d Gga-Mir-29-P2d Gja-Mir-29-P2d Gmo-Mir-29-P2d1 Gmo-Mir-29-P2d2 Gsp-Mir-29 Hru-Mir-29-P2 Hsa-Mir-29-P2d Laf-Mir-29-P2d Lch-Mir-29-P2d Lgi-Mir-29-P2 Lhy-Mir-29-P2 Llo-Mir-29-P2 Mal-Mir-29-P2d1 Mal-Mir-29-P2d2 Mdo-Mir-29-P2d Mgi-Mir-29-P2 Mml-Mir-29-P2d Mmr-Mir-29-P2d Mmu-Mir-29-P2d Mom-Mir-29-P2 Mun-Mir-29-P2d Neu-Mir-29-P2d Npo-Mir-29-P2 Oan-Mir-29-P2d Obi-Mir-29-P2 Ocu-Mir-29-P2d Ofu-Mir-29-P2 Ovu-Mir-29-P2 Pab-Mir-29-P2d Pau-Mir-29-P2 Pbv-Mir-29-P2d Pcr-Mir-29-P2 Pdu-Mir-29-P2 Pfl-Mir-29-P2 Pmi-Mir-29-P2 Pve-Mir-29-P2 Rno-Mir-29-P2d5 Rno-Mir-29-P2d6 Rph-Mir-29-P2 Sha-Mir-29-P2d Sko-Mir-29-P2 Sme-Mir-29-o2 Spt-Mir-29-P2d Spu-Mir-29-P2 Sto-Mir-29-P2d Tgu-Mir-29-P2d Tni-Mir-29-P2d1 Tni-Mir-29-P2d2 War-Mir-29-P2 Xbo-Mir-29-P2 Xla-Mir-29-P2d3 Xla-Mir-29-P2d4 Xtr-Mir-29-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG3: 30969985-30970044 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-29-P2d-v1) |
Mir-29-P1d
LG3: 30969161-30969226 [+]
Ensembl
Mir-29-P2d-v1 LG3: 30969985-30970044 [+] Ensembl Mir-29-P2d-v2 LG3: 30969986-30970043 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Loc-Mir-29-P2d-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCACCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUUCUCCCUGAGGCCUCUUACCAAGGCUGACCGAUUUCUUUUGGUGUUCAGAGUCAUCUUCAGUUUCUAGCACCAUUUGAAAUCGGUUACAAUGUAGGAGGAAGAUCAGCUGAACACUUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CCUUCUCCCUGAGGCCU----| CAAGGC UUU C GUCAUC CUUAC UGACCGAUUUC UGGUGUU AGA \ GGAUG AUUGGCUAAAG ACCACGA UCU U UUCACAAGUCGACUAGAAGGA^ UAAC-- UUU - UUGACU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Loc-Mir-29-P2d-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCGAUUUCUUUUGGUGUUCAGA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Loc-Mir-29-P2d-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAGCACCAUUUGAAAUCGGUUA -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Loc-Mir-29-P2d-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAGCACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUCUCCCUGAGGCCUCUUACCAAGGCUGACCGAUUUCUUUUGGUGUUCAGAGUCAUCUUCAGUUUCUAGCACCAUUUGAAAUCGGUUACAAUGUAGGAGGAAGAUCAGCUGAACACUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CUUCUCCCUGAGGCCUCUUA AAGGC--| UUU C UCAUC CC UGACCGAUUUC UGGUGUU AGAG \ GG AUUGGCUAAAG ACCACGA UCUU U UCACAAGUCGACUAGAAGGA AUGUAAC^ UUU - UGACU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Loc-Mir-29-P2d-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCGAUUUCUUUUGGUGUUCAGAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Loc-Mir-29-P2d-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CUAGCACCAUUUGAAAUCGGUU -58
Get sequence
|
