MirGeneDB ID | Rno-Let-7-P2a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Norway rat (Rattus norvegicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | rno-let-7c-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Rno-Let-7-P1b Rno-Let-7-P1c Rno-Let-7-P1d Rno-Let-7-P2a1 Rno-Let-7-P2a3 Rno-Let-7-P2b1 Rno-Let-7-P2b2 Rno-Let-7-P2b3 Rno-Let-7-P2c1 Rno-Let-7-P2c2 Rno-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2a2 Ami-Let-7-P2a2 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P2a2 Cfa-Let-7-P2a2 Cgi-Let-7 Cli-Let-7-P2a2 Cmi-Let-7-P2a2 Cpi-Let-7-P2a2 Cpo-Let-7-P2a2 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2a2 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2a2a Dre-Let-7-P2a2b Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2a2 Gga-Let-7-P2a2 Gja-Let-7-P2a2 Gmo-Let-7-P2a2a Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2a2 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2a2 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2a2 Mal-Let-7-P2a2a Mal-Let-7-P2a2b Mdo-Let-7-P2a2 Mml-Let-7-P2a2 Mmu-Let-7-P2a2 Mun-Let-7-P2a2 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2a2 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2a2 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2a2 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Sha-Let-7-P2a2 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2a2 Spu-Let-7 Sto-Let-7-P2a2 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2a2 Tni-Let-7-P2a2a Tni-Let-7-P2a2b Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P2a2c Xla-Let-7-P2a2d Xtr-Let-7-P2a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rn6) |
chr7: 126590225-126590293 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2a2) |
Let-7-P2a2
chr7: 126590225-126590293 [+]
UCSC
Ensembl
Let-7-P2b2 chr7: 126590633-126590707 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCCGCCAAGACUGACUGACGGCCUUUGGGGUGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUUUUGGGCUCUGCCCCGCUCUGCGGUAACUAUACAAUCUACUGUCUUUCCUGAAGUGGCCGCAAUAUCUGCAGUGGAUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UCCGCCAAGACUGACUGA -| G U GU UUGGGCUCUGC CGGCC UUU GGG GAG AGUAGGUUGUAUGGUU C GCCGG GAA UCC UUC UCAUCUAACAUAUCAA C AUAGGUGACGUCUAUAAC U^ G U UG UGGCGUCUCGC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Rno-Let-7-P2a2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0000776 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUU -22
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000776 TargetScanVert: rno-let-7c-5p miRDB: MIMAT0000776 |
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Star sequence | Rno-Let-7-P2a2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0017088 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
48- CUAUACAAUCUACUGUCUUUC -69
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: rno-let-7c-2-3p miRDB: MIMAT0017088 |