| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-29-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-29 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-29b-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-29-P1b-v1 Mdo-Mir-29-P1d-v1 Mdo-Mir-29-P2b Mdo-Mir-29-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-29-P1 Aca-Mir-29-P1b-v1 Aga-Mir-29-P1 Agr-Mir-29-P1 Ami-Mir-29-P1b-v1 Asu-Mir-29-P1 Bfl-Mir-29-P1 Bla-Mir-29-P1 Bta-Mir-29-P1b-v1 Cbr-Mir-29-P1 Cel-Mir-29-P1 Cfa-Mir-29-P1b-v1 Cin-Mir-29-o1 Cja-Mir-29-P1b-v1 Cli-Mir-29-P1b-v1 Cmi-Mir-29-P1b Cpi-Mir-29-P1b-v1 Cpo-Mir-29-P1b-v1 Csc-Mir-29-P1 Cte-Mir-29-P1 Dan-Mir-29-P1 Dgr-Mir-29-P1 Dlo-Mir-29-P1 Dma-Mir-29-P1 Dme-Mir-29-P1 Dmo-Mir-29-P1 Dno-Mir-29-P1b-v1 Dpu-Mir-29-P1 Dre-Mir-29-P1b1 Dsi-Mir-29-P1 Dya-Mir-29-P1 Eba-Mir-29-P1 Eca-Mir-29-P1b-v1 Esc-Mir-29-P1 Ete-Mir-29-P1b-v1 Gga-Mir-29-P1b-v1 Gja-Mir-29-P1b-v1 Gmo-Mir-29-P1b1 Gmo-Mir-29-P1b2 Gpa-Mir-29-P1 Gsp-Mir-29 Hme-Mir-29-P1 Hru-Mir-29-P1 Hsa-Mir-29-P1b-v1 Isc-Mir-29-P1 Laf-Mir-29-P1b-v1 Lch-Mir-29-P1b Lhy-Mir-29-P1 Llo-Mir-29-P1 Loc-Mir-29-P1b-v1 Mal-Mir-29-P1b1-v1 Mal-Mir-29-P1b2-v1 Mgi-Mir-29-P1 Mml-Mir-29-P1b-v1 Mmr-Mir-29-P1b-v1 Mmu-Mir-29-P1b-v1 Mom-Mir-29-P1 Mun-Mir-29-P1b Neu-Mir-29-P1b-v1 Npo-Mir-29-P1 Oan-Mir-29-P1b-v1 Obi-Mir-29-P1 Ocu-Mir-29-P1b-v1 Ofu-Mir-29-P1 Ovu-Mir-29-P1 Pab-Mir-29-P1b-v1 Pau-Mir-29-P1 Pbv-Mir-29-P1b-v1 Pcr-Mir-29-P1 Pdu-Mir-29-P1 Pfl-Mir-29-P1 Pmi-Mir-29-P1 Pve-Mir-29-P1 Rno-Mir-29-P1b-v1 Rph-Mir-29-P1 Sha-Mir-29-P1b-v1 Sko-Mir-29-P1 Snu-Mir-29-P1 Spt-Mir-29-P1b Spu-Mir-29-P1 Sto-Mir-29-P1b Tca-Mir-29-P1 Tgu-Mir-29-P1b-v1 Tni-Mir-29-P1b1 Tni-Mir-29-P1b2 Tur-Mir-29-P1 War-Mir-29-P1 Xbo-Mir-29-P1 Xla-Mir-29-P1b3 Xla-Mir-29-P1b4 Xtr-Mir-29-P1b-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
8: 190600830-190600891 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-29-P1b-v2) |
Mir-29-P2b
8: 190600410-190600469 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-29-P1b-v1 8: 190600829-190600892 [-] UCSC Ensembl Mir-29-P1b-v2 8: 190600830-190600891 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mdo-Mir-29-P1b-v2 |
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| Seed | UAGCACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAGCAUGAUUUUAAAGCUUCUUCAGGAAGCUGGUUUCAUAUGGUGGUUUAGAUUUAACUACUGAGUGUCUAGCACCAUUUGAAAUCAGUGUUCUUGGAGGAGAAUGGCUACACCUCAAAAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAAGCAUGAUUUUAAAG-- -| U GU UUAACU CUUCUUCAGGAA GCUGGUUUCA AUGGUG UUAGAU \ GAGGAGGUUCUU UGACUAAAGU UACCAC GAUCUG A GAAAACUCCACAUCGGUAA G^ U -- UGAGUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mdo-Mir-29-P1b-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026703 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUGGUUUCAUAUGGUGGUUUAGAU -24
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-29b-1-5p |
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| Mature sequence | Mdo-Mir-29-P1b-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0004163 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CUAGCACCAUUUGAAAUCAGUGU -62
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-29b-3p |
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| Variant | Mdo-Mir-29-P1b-v1 |
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| Seed | AGCACCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCAAGCAUGAUUUUAAAGCUUCUUCAGGAAGCUGGUUUCAUAUGGUGGUUUAGAUUUAACUACUGAGUGUCUAGCACCAUUUGAAAUCAGUGUUCUUGGAGGAGAAUGGCUACACCUCAAAAGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCAAGCAUGAUUUUAAAG-- -| U GU UUUAACU CUUCUUCAGGAA GCUGGUUUCA AUGGUG UUAGA \ GAGGAGGUUCUU UGACUAAAGU UACCAC GAUCU A GGAAAACUCCACAUCGGUAA G^ U -- GUGAGUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mdo-Mir-29-P1b-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026703 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUGGUUUCAUAUGGUGGUUUAGA -24
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-29b-1-5p |
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| Mature sequence | Mdo-Mir-29-P1b-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0004163 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UAGCACCAUUUGAAAUCAGUGUU -64
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-29b-3p |
