MirGeneDB ID | Llo-Mir-1994 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-1994 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Bootlace worm (Lineus longissimus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-1994-P1 Agr-Mir-1994-P2 Cte-Mir-1994 Dgr-Mir-1994 Eba-Mir-1994-P1 Eba-Mir-1994-P2 Efe-Mir-1994 Esc-Mir-1994-P1 Esc-Mir-1994-P2 Hru-Mir-1994-P1 Hru-Mir-1994-P2 Lan-Mir-1994-o1a Lan-Mir-1994-o1b Lan-Mir-1994-o2a Lan-Mir-1994-o2b Lgi-Mir-1994-P1 Lgi-Mir-1994-P2 Lhy-Mir-1994-P1 Mgi-Mir-1994-P1 Mgi-Mir-1994-P2 Mom-Mir-1994-P1 Mom-Mir-1994-P2 Npo-Mir-1994-P1 Npo-Mir-1994-P2 Obi-Mir-1994-P1 Obi-Mir-1994-P2 Ofu-Mir-1994-P9 Ofu-Mir-1994-P10 Ovu-Mir-1994-P1 Ovu-Mir-1994-P2 Pau-Mir-1994-o3 Pau-Mir-1994-o4 Pve-Mir-1994-P1 Pve-Mir-1994-P2a Pve-Mir-1994-P2b Rph-Mir-1994-P1 Rph-Mir-1994-P2 Snu-Mir-1994-P5 Snu-Mir-1994-P6 Snu-Mir-1994-P7 Snu-Mir-1994-P8 War-Mir-1994-P1 War-Mir-1994-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_910592395.2_tnLinLong1) |
OU343003.1: 14179230-14179287 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGGAUACUGCAGAAUCAAAAUUUCUUCCACGGUUGGACAUGCUUGUCUGCAUGGCAUCAUAAUCAUGAGACAGUGUGUCCUCCCUCGGAAUGAAAGCUCUAACAUCGAAUGUCACCAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUGGAUACUGCAGAAUCAAAA- -| AC UU U G GCAU UUUC UUCC GG GGACAUGCU GUCU CAUG C AAAG AAGG CC CCUGUGUGA CAGA GUAC A ACCACUGUAAGCUACAAUCUCG U^ CU CU - - UAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Llo-Mir-1994_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGGUUGGACAUGCUUGUCUGCAUG -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Llo-Mir-1994_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UGAGACAGUGUGUCCUCCCUCG -58
Get sequence
|